Հիմնական տարբերություն – Blunt vs Sticky End Ligation
Սահմանափակող էնդոնուկլեազները հատուկ ֆերմենտներ են, որոնք կտրում են երկշղթա ԴՆԹ (dsDNA): Նրանք նաև հայտնի են որպես մոլեկուլային մկրատ մոլեկուլային կենսաբանության մեջ: Սահմանափակող ֆերմենտները կարող են ճանաչել dsDNA-ի հատուկ կարճ հաջորդականությունները, որոնք հայտնի են որպես ճանաչման վայրեր և ճեղքել ֆոսֆոդիստերային և ջրածնային կապերը՝ կրկնակի շղթաներ բացելու համար: Այս ֆերմենտների կողմից տրոհման արդյունքում ԴՆԹ-ի բեկորները արտադրվում են տարբեր տեսակի ծայրերով, ինչպիսիք են կպչուն ծայրերը և բութ ծայրերը: ԴՆԹ-ի լիգազան ֆերմենտ է, որն օգտագործվում է մոլեկուլային կենսաբանության մեջ՝ նոր կապեր ձևավորելով ԴՆԹ-ի երկու հարակից շղթաները միացնելու համար:Քայլը հայտնի է որպես կապակցում և ըստ կապակցված ԴՆԹ-ի վերջի տեսակի, դրանք կարող են անվանվել որպես բութ ծայրի կապում և կպչուն վերջի կապում: Բութ և կպչուն վերջի կապակցման միջև հիմնական տարբերությունն այն է, որ բութ ծայրի կապումը տեղի է ունենում ԴՆԹ-ի բեկորների միջև, որոնք պարունակում են երկու բութ ծայրեր, մինչդեռ կպչուն վերջի կապումը տեղի է ունենում 5' և 3' վերելակների միջև: Բութ ծայրի կապակցման համեմատ, կպչուն ծայրի կապակցումն ավելի արդյունավետ և կայուն է:
Ի՞նչ է Blunt End Ligation?
Որոշ սահմանափակող էնդոնուկլեազներ կարող են կտրել ԴՆԹ-ն հակառակ հիմքերում և առաջացնել բութ ծայրամասային ԴՆԹ-ի բեկորներ: Այս ֆերմենտները հայտնի են որպես բութ վերջավոր կտրիչներ; նրանք ճեղքվում են ուղիղ դեպի սահմանափակման տեղամասի կեսը՝ առանց թողնելով միայնակ շղթայված կախովի հիմքեր: Բութ ծայրերը հայտնի են նաև որպես չվերցվող ծայրեր, քանի որ դրանք ծայրերում չունեն 3' և 5' վերևից կախված հիմքեր: Երկու թելերն էլ ավարտվում են բազային զույգերից՝ բութ ծայրերով: Բութ ծայրը կտրող ընդհանուր ֆերմենտներն են EcoRV HaeIII, AluI և SmaI:
Բութ ծայրերի կապակցումը տեղի է ունենում երկու բութ ծայրերի միջև: Դա ցցված հիմքերի կապում չէ։ Այս կապակցումը ավելի քիչ արդյունավետ է, քան կպչուն վերջի կապումը: Այնուամենայնիվ, որոշ դեպքերում, բութ ծայրի կապակցումը դառնում է ավելի ձեռնտու, քան կպչուն վերջի կապակցումը, հատկապես PCR արտադրանքները կապելիս: PCR արտադրանքը միշտ արտադրվում է բութ ծայրերով: Բութ ծայրերի կապակցումը չի պահանջում ԴՆԹ-ի լրացուցիչ ծայրեր կապակցման համար:
Նկար 01. Eco RV ֆերմենտի կողմից բութ ծայրամասային արտադրություն
Ի՞նչ է Sticky End Ligation?
Որոշ սահմանափակող էնդոնուկլեազներ կարող են կտրել dsDNA-ն՝ վերջում թողնելով միաշղթա ԴՆԹ-ի մի հատված: Այս ծայրերը հայտնի են որպես կպչուն կամ գերակշռող ծայրեր: Կպչուն ծայրերի կապումը տեղի է ունենում ԴՆԹ-ի երկու բեկորների միջև, որոնք պարունակում են համապատասխան ելուստներ, քանի որ կպչուն ծայրերը ունեն չզուգակցված հիմքեր և պահանջում են լրացուցիչ հիմքեր՝ կապեր ձևավորելու համար:Հետևաբար, անհրաժեշտ է օգտագործել նույն սահմանափակող ֆերմենտը ԴՆԹ-ի երկու աղբյուրների համար՝ համապատասխան կապող բեկորներ արտադրելու համար:
Կպչուն ծայրի կապակցումն ավելի արդյունավետ է և հաճախ շատ ցանկալի է կլոնավորման գործընթացներում: Կան մի քանի սահմանափակող ֆերմենտներ, որոնք արտադրում են կպչուն ծայրեր: Դրանք են EcoRI, BamHI, HindIII և այլն:
Նկար 02. Կպչուն ծայրի արտադրություն Eco RI ֆերմենտի միջոցով
Ո՞րն է տարբերությունը Blunt-ի և Sticky End Ligation-ի միջև:
Blunt vs Sticky End Ligation |
|
| Բութ ծայրի կապումը տեղի է ունենում ԴՆԹ-ի երկու բութ բեկորների միջև: | Կպչուն ծայրի կապումը տեղի է ունենում կպչուն ծայրերով ԴՆԹ-ի երկու համապատասխան բեկորների միջև: |
| Ֆերմենտներ | |
| Բութ ծայրի կտրիչները բութ ծայրեր են արտադրում: | Կպչուն ծայրի կտրիչները կպչուն կամ կպչուն ծայրեր են արտադրում: |
| Համապատասխան ծայրերի պահանջ | |
| Այն չի պահանջում համապատասխան բեկորներ կամ լրացուցիչ հիմքեր: | Հիմքի զույգեր ձևավորելու համար ծայրերում անհրաժեշտ են լրացուցիչ հիմքեր: |
| արդյունավետություն | |
| Այն ավելի քիչ արդյունավետ է, քան կպչուն ծայրի կապակցումը | Այն ավելի արդյունավետ է, քան բութ ծայրով կապակցումը: |
Ամփոփում – Blunt vs Sticky End Ligation
Սահմանափակող էնդոնուկլեազները կարողանում են ճեղքել dsDNA և արտադրել ԴՆԹ-ի բեկորներ տարբեր ծայրերով:Նրանք ճանաչում են հատուկ հաջորդականություններ և սահմանափակում ԴՆԹ-ն՝ ստեղծելով կպչուն և բութ ծայրեր: Կպչուն ծայրերը բեկորների վերջում ունեն չզույգված հիմքեր: Բութ ծայրերը ստեղծվում են ուղիղ ճեղքվածքի շնորհիվ և ծայրերում ունեն հիմքերի զույգեր։ Կպչուն ծայրի կապակցումը պահանջում է երկու լրացուցիչ միաշղթա ԴՆԹ-ի կտորներ: Բութ ծայրի կապումը տեղի է ունենում ցանկացած երկու բութ ծայրի բեկորների միջև: Սա է տարբերությունը բութ և կպչուն կապակցման միջև:
