Թիրախային և չնպատակային պրոտեոմիկայի հիմնական տարբերությունն այն է, որ թիրախային պրոտեոմիկան նպատակ ունի չափել որոշակի սպիտակուցի առատությունը, մինչդեռ աննպատակային պրոտեոմիկան ուղղված չէ կոնկրետ սպիտակուցին:
Պրոտեոմիքսը սպիտակուցների, դրանց կառուցվածքների և գործառույթների լայնածավալ ուսումնասիրությունն է: Այն ուսումնասիրում է բջջի, հյուսվածքի կամ օրգանիզմի ամբողջ սպիտակուցային կոմպլեմենտը հատուկ պայմաններում: Գոյություն ունեն պրոտեոմիկայի երկու տեսակ՝ նպատակային պրոտեոմիկա և ոչ նպատակային պրոտեոմիկա:
Ի՞նչ է նպատակային պրոտեոմիկան:
Ինչպես իր անունն է ցույց տալիս, թիրախային պրոտեոմիքսը վերլուծության համար թիրախավորում է որոշակի սպիտակուց կամ պեպտիդ՝ սպիտակուցների բարդ խառնուրդում:Այնուհետև այն վերլուծում է այդ նախապես ընտրված հատուկ սպիտակուցի առկայությունը և քանակը: Այս մեթոդը հնարավոր է միայն մեկ նմուշի կամ մի քանի նմուշների համար: Այս մեթոդը հարմար է նույնիսկ սպիտակուցների որոշակի խմբի համար: Դա հանգեցնում է ավելի ճշգրիտ, քանակական և զգայուն տվյալների: Ավելին, զանգվածային սպեկտրոմետրիան, որը զուգորդվում է թիրախային պրոտեոմիկայի հետ, տալիս է ավելի ճշգրիտ հուսալի չափումներ: Այս մեթոդն իր վերլուծության համար օգտագործում է եռակի քառաբևեռ զանգվածային սպեկտրոմետր (QQQ):
Նկար 01. Proteomics
Թիրախային պրոտեոմիկան հարմար մեթոդ է, եթե ցանկանում եք ստուգել, թե արդյոք նոկդաունի թիրախը իրականում տապալվել է, կամ երբ ցանկանում եք քանակականացնել որոշակի սպիտակուց/պեպտիդ արյան շիճուկում, ուղեղային հեղուկում կամ բջիջների լիզատում և այլն: Կարող եք նաև օգտագործեք այն, եթե ցանկանում եք ստուգել, թե արդյոք որոշակի սպիտակուցը տարբեր կերպ է արտահայտված նմուշներում կամ ժամանակային փորձի ժամանակ:
Ի՞նչ է անուղղակի պրոտեոմիկան:
Ոչ նպատակային պրոտեոմիկան, ինչպես նշում է անունը, չի թիրախավորում կոնկրետ սպիտակուց կամ պեպտիդ դրա վերլուծության համար: Discovery proteomics-ը Untargeted proteomics-ի մեկ այլ անուն է: Իրականում դա ավելի «գլոբալ» վերլուծություն է։ Ընդհանրապես, ոչ նպատակային պրոտեոմիկա կատարելը նշանակում է պատասխանել այն հարցին, թե «ի՞նչ սպիտակուցներ կամ սպիտակուցներ կան այս նմուշում կամ մի քանի նմուշներում»: Այս մեթոդը զգայուն չէ որպես նպատակային պրոտեոմիկա: Բայց այն կարող է նույնականացնել և չափել բազմաթիվ սպիտակուցներ, ներառյալ նոր սպիտակուցները: Ոչ նպատակային պրոտեոմիկան կարող է արտադրել ինչպես քանակական, այնպես էլ որակական չափումներ։
Որո՞նք են նմանությունները նպատակային և ոչ նպատակային պրոտեոմիկայի միջև:
- Եվ նպատակային և ոչ նպատակային պրոտեոմիկան չափում է սպիտակուցները նմուշներում:
- Դրանք կարևոր են պրոտեոմի վերլուծության մեջ:
- Այս մեթոդները օգտագործում են զանգվածային սպեկտրոմետրիա։
Ո՞րն է տարբերությունը նպատակային և ոչ նպատակային պրոտեոմիկայի միջև:
Նախ, նպատակային պրոտեոմիկան որոշակի սպիտակուցի կամ պեպտիդի առկայության և քանակի որոշումն է սպիտակուցների բարդ խառնուրդում: Ի հակադրություն, ոչ նպատակային պրոտեոմիկան նմուշում կամ նմուշներում առկա սպիտակուցների քանակական և որակական ուսումնասիրությունն է՝ առանց որոշակի սպիտակուցի թիրախավորման: Նպատակային պրոտեոմիկան իրականացվում է նախապես ընտրված կամ թիրախավորված սպիտակուցներով, մինչդեռ ոչ նպատակային պրոտեոմիկան իրականացվում է այս նմուշում սպիտակուցների տեսակները պարզելու համար: Ավելին, թիրախային պրոտեոմիկան ավելի զգայուն է, քան ոչ նպատակային պրոտեոմիկան:
Ամփոփում – Թիրախային ընդդեմ ոչ նպատակային պրոտեոմիքս
Ամփոփելու համար, նպատակային և ոչ նպատակային պրոտեոմիկան սպիտակուցային ուսումնասիրությունների երկու տեսակ է: Ինչպես ենթադրում են նրանց անունները, թիրախային պրոտեոմիկան ուղղված է կոնկրետ սպիտակուցին, մինչդեռ ոչ նպատակային պրոտեոմիքսը չի թիրախավորում կոնկրետ սպիտակուցը:Սա է տարբերությունը նպատակային և ոչ նպատակային պրոտեոմիկայի միջև:
