Խխունջ-օղակ-խխունջի և պարույր-շրջադարձ պարույրի միջև հիմնական տարբերությունն այն է, որ պարուրաձև օղակ-խխունջ միջնորդում է սպիտակուցի դիմերացումը, մինչդեռ պարույր-շրջադարձ պարույրը կարգավորում է գենի արտահայտությունը ԴՆԹ-ի կապի միջոցով:
Սպիտակուցի մոտիվը կարճ պահպանված հաջորդականություն է, որը կապված է ԴՆԹ-ի հստակ գործառույթների հետ: Այն հիմնականում կապված է հատուկ կառուցվածքային տեղանքի հետ, որն ունի յուրահատուկ քիմիական կամ կենսաբանական ֆունկցիա: Այս մոտիվները պարունակում են տարբեր սպիտակուցային մոլեկուլներով ամինաթթուների եռաչափ կառուցվածքների փոքր շրջաններ: Սովորաբար անհատական մոտիվները պարունակում են ընդամենը մի քանի տարրեր։ Helix-loop-helix-ը և helix-turn-helix-ը պարունակում են երեք տարր:Նրանց սպիտակուցային կառուցվածքային մոտիվները ներառում են տարբեր երկարություններով և չճշտված կառուցվածքով օղակներ:
Ի՞նչ է Helix-Loop-Helix?
A helix-loop-helix (HLH) սպիտակուցային կառուցվածքային մոտիվ է, որը սահմանում է dimerizing տրանսկրիպցիոն գործոնների ամենամեծ ընտանիքներից մեկը: Տրանսկրիպցիոն այս գործոնները պարունակում են ամինաթթուների մնացորդներ՝ ԴՆԹ-ի կապակցման մեխանիզմը հեշտացնելու համար, և դրանք երկիմեր են: Սպիտակուցի կառուցվածքային մոտիվը պարունակում է երկու α-պարույր, և դրանք միացված են օղակով։ Մեկ պարույրը երկու պարույրներից ավելի փոքր է թվում, և օղակի ճկունությունը թույլ է տալիս դիմերիզացիա՝ փաթեթավորելով և ծալելով մեկ այլ պարույրի վրա: Խխունջը, որն ավելի մեծ է երևում, սովորաբար պարունակում է ԴՆԹ կապող շրջաններ: HLH սպիտակուցները կապվում են կոնսենսուսային հաջորդականության հետ, որը հայտնի է որպես E-box: Կոնսենսուսային հաջորդականությունը նուկլեոտիդների կամ ամինաթթուների մնացորդներ պարունակող հաշվարկված կարգ է: Էլեկտրոնային տուփը որոշ էուկարիոտների ԴՆԹ-ին արձագանքող տարր է, որը գործում է որպես սպիտակուցը կապող տեղ և կարգավորում գեների արտահայտությունը։
Նկար 01. Helix-loop-helix motif
HLH տրանսկրիպցիոն գործոնները կարևոր են զարգացման և բջիջների գործունեության համար: HLH սպիտակուցները հիմնականում պատկանում են վեց խմբերի, որոնք նշված են A-ից F տառերից: Յուրաքանչյուր խմբում ներառված տրանսկրիպցիոն գործոններն են՝
Խումբ A. MyoD, Myf5, Beta2/NeuroD1, Scl, p-CaMK, NeuroD և Neurogenins, խումբ B՝ MAX, C-Myc, N-Myc և TCF4
Խումբ C՝ AhR, BMAL-1-CLOCK, HIF, NPAS1, NPAS3 և MOP5
Խումբ D; EMC
Խումբ E. HEY1 և HEY2
F խումբ՝ EBF1
Քանի որ HLH-ի տրանսկրիպցիոն գործոնների մեծ մասը հետերոդիմերային են, դիմերիզացումը հաճախ կարգավորում է դրանք:
Ի՞նչ է Helix-Turn-Helix?
Helix-turn-helix (HTH) սպիտակուցային կառուցվածքային մոտիվ է, որն ունակ է կապելու ԴՆԹ-ն: Յուրաքանչյուր մոնոմեր կազմակերպված է երկու α-պարույրներով և միացված է կարճ ամինաթթու շղթայով։ Սա կապում է ԴՆԹ-ի պարույրի ակոսին: HTH մոտիվները սովորաբար կարգավորում են գեների արտահայտումը: HTH-ի ճանաչումը և ԴՆԹ-ի հետ կապն իրականացվում են երկու α-պարույրներով: Մի պարույրը զբաղեցնում է N-տերմինալի վերջը, իսկ մյուսը գտնվում է C-վերջում: Սցենարների մեծ մասում խխունջն իրականացնում է ԴՆԹ-ի ճանաչում: Հետեւաբար, այն հայտնի է որպես ճանաչման պարույր: ԴՆԹ-ի ակոսին կապելը տեղի է ունենում մի շարք Վան դեր Վալսի փոխազդեցությունների և ջրածնային կապերի միջոցով, որոնց հիմքերը բաց են: Մյուս α-խխունջը կայունացնում է սպիտակուցի և ԴՆԹ-ի փոխազդեցությունը և մեծ դեր չի խաղում ճանաչման մեջ: Այնուամենայնիվ, ճանաչման պարույրը և մնացած պարույրն ունեն նմանատիպ ուղղվածություն:
Նկար 02. TetR ընտանիքի խխունջ-շրջադարձային պարուրակ
HTH դասակարգվում է ըստ խխունջների կառուցվածքի և տարածական դասավորության: Հիմնական տեսակներն են երկպտուտակաձև, եռապտուտակաձև, քառապտուտակաձև և թեւավոր ՀՏՀ։ Երկապտուտակային տիպը ամենապարզ տեսակն է՝ երկու պարույրներով և անկախ ծալովի սպիտակուցային տիրույթով։ Եռապտուտակային տեսակը հայտնաբերվել է տառադարձման ակտիվացնող Myb-ում: Տետրապտուտակային տիպն ունի լրացուցիչ C-տերմինալ պարույր: Վերջապես, թեւավոր HTH-ն ձևավորվում է 3-պտուտակաձև կապոցով և 3- կամ 4-շղթայական բետա թերթիկով:
Որո՞նք են նմանությունները Helix-Loop-Helix-ի և Helix-Turn-Helix-ի միջև:
- Helix-loop-helix-ը և helix-turn-helix-ը սպիտակուցային կառուցվածքային մոտիվներ են:
- Երկուսն էլ պարունակում են ընդհանուր հայտարար բազալ և հատուկ տրանսկրիպցիոն գործոններում:
- Նրանք առկա են էուկարիոտներում:
Ո՞րն է տարբերությունը Helix-Loop-Helix-ի և Helix-Turn-Helix-ի միջև:
Helix-loop-helix-ը միջնորդում է սպիտակուցի դիմերիզացումը, մինչդեռ պարույր-շրջադարձային պարույրը կարգավորում է գեների արտահայտումը ԴՆԹ-ի կապի միջոցով: Այսպիսով, սա հիմնական տարբերությունն է helix-loop-helix-ի և helix-turn-helix-ի միջև: Բացի այդ, HLH-ը պարունակում է որոշակի պրոտո-օնկոգեններ և գեներ, որոնք ներգրավված են տրանսկրիպցիոն գործոնների կոդավորման տարբերակման մեջ, մինչդեռ HTH-ն պարունակում է բազմաթիվ հոմեոտիկ գեներ, որոնք ծածկագրում են տրանսկրիպցիոն գործոնները: Ավելին, խխունջ-օղակ-խխունջը հիմնականում բաղկացած է ալֆա պարույրներից, որոնք միացված են օղակով, մինչդեռ պարույր-շրջադարձային պարույրը հիմնականում բաղկացած է օղակներից, որոնք միացված են կարճ ամինաթթուների հենարանով, որը կազմում է ակոս::
Ստորև բերված ինֆոգրաֆիկան ներկայացնում է տարբերությունները helix-loop-helix-ի և helix-turn-helix-ի միջև աղյուսակային տեսքով՝ կողք կողքի համեմատելու համար:
Ամփոփում – Helix-Loop-Helix vs Helix-Turn-Helix
Սպիտակուցի մոտիվը կարճ պահպանված հաջորդականություն է, որը կապված է ԴՆԹ-ի հստակ գործառույթների հետ:Helix-loop-helix և helix-turn-helix երկու տեսակի սպիտակուցային կառուցվածքային մոտիվներ են: Spin-loop-helix-ի և helix-turn-helix-ի հիմնական տարբերությունն այն է, որ խխունջ-օղակ-խխունջ միջնորդում է սպիտակուցի դիմերացումը, մինչդեռ պարույր-շրջադարձ պարույրը կարգավորում է գենի արտահայտությունը ԴՆԹ-ի կապի միջոցով: HLH-ը սպիտակուցային կառուցվածքային մոտիվ է, որը սահմանում է dimerizing տրանսկրիպցիոն գործոնների ամենամեծ ընտանիքներից մեկը: Սպիտակուցի կառուցվածքային մոտիվը պարունակում է երկու α-պարույր, և դրանք միացված են օղակով։ HTH-ը սպիտակուցային կառուցվածքային մոտիվ է, որն ունակ է կապելու ԴՆԹ-ն: Յուրաքանչյուր մոնոմեր կազմակերպված է երկու α-պարույրներով և միացված է կարճ ամինաթթու շղթայով և կապվում է ԴՆԹ-ի պարույրի ակոսին։ Այսպիսով, սա ամփոփում է տարբերությունը helix-loop-helix-ի և helix-turn-helix-ի միջև:
