Հոմոլոգիայի և նմանության հիմնական տարբերությունը կենսաինֆորմատիկայում այն է, որ հոմոլոգիան վերաբերում է երկու հաջորդականությունների ընդհանուր էվոլյուցիոն ծագման մասին հայտարարությանը, մինչդեռ նմանությունը վերաբերում է երկու հաջորդականությունների միջև նմանության աստիճանին:
Կենսաինֆորմատիկան գիտության ոլորտ է, որը համատեղում է կենսաբանությունը, տեղեկատվական ճարտարագիտությունը, համակարգչային գիտությունը, մաթեմատիկան և վիճակագրությունը՝ կենսաբանական տվյալները վերլուծելու և մեկնաբանելու համար: Հոմոլոգիան և նմանությունը երկու տերմիններ են, որոնք մենք օգտագործում ենք կենսաինֆորմատիկայի ոլորտում: Մենք կարող ենք հեշտությամբ հաշվարկել նմանությունը որպես հավասարեցման որոշակի երկարության վրա նմանատիպ մնացորդների տոկոս: Այնուամենայնիվ, մենք չենք կարող հաշվարկել հոմոլոգիան, քանի որ այն կարող է լինել ճիշտ կամ կեղծ և սովորաբար կախված է օգտագործված վարկածից:
Ի՞նչ է հոմոլոգիան կենսաինֆորմատիկայում:
Հոմոլոգիան կենսաինֆորմատիկայի մեջ վերաբերում է ԴՆԹ-ի, ՌՆԹ-ի և սպիտակուցի հաջորդականությունների միջև կենսաբանական հոմոլոգիայի, որոնք սահմանվում են կյանքի էվոլյուցիոն ծառի նախնիների ընդհանուր հատկությունների տեսանկյունից: Այլ կերպ ասած, դա երկու հաջորդականությունների ընդհանուր էվոլյուցիոն ծագումն է: Նման երևույթի պատճառը կարող է լինել կամ տեսակավորման իրադարձություններով (օրթոլոգներ), հորիզոնական գեների փոխանցման իրադարձություններով (քսենոլոգներ) կամ կրկնվող իրադարձություններով (պարալոգներ):
Նկար 01. Բազմակի հաջորդականության հավասարեցում
Հնարավոր է եզրակացնել ԴՆԹ-ի, ՌՆԹ-ի կամ սպիտակուցների հոմոոլոգիան դրանց ամինաթթուների կամ նուկլեոտիդների հաջորդականության նմանությամբ: Զգալի նմանությունը ծառայում է որպես ուժեղ ապացուցողական հատկություն՝ եզրակացնելու, որ երկու հաջորդականությունները կապված են ընդհանուր նախնիների հաջորդականության հետ՝ էվոլյուցիոն փոփոխություններով: Բազմաթիվ հաջորդականությունների հավասարեցումները ցույց են տալիս հոմոլոգ բնույթ ունեցող յուրաքանչյուր հաջորդականության շրջանները:
Ի՞նչ է նմանությունը կենսաինֆորմատիկայի մեջ:
Կենսաինֆորմատիկայի մեջ նմանությունը գնահատում է երկու սպիտակուցների կամ նուկլեոտիդների հաջորդականության նմանությունը: Այս գործընթացի երկու հիմնական քայլ կա. Սկզբնական քայլը զույգ-ուղղված հավասարեցումն է, որն օգնում է գտնել օպտիմալ հավասարեցում երկու հաջորդականությունների միջև (ներառյալ բացերը)՝ օգտագործելով ալգորիթմներ, ինչպիսիք են BLAST, FastA և LALIGN: Զույգ-իմաստուն հավասարեցումից հետո յուրաքանչյուր զույգ համեմատությունից անհրաժեշտ է ստանալ երկու քանակական պարամետր: Նրանք ինքնություն և նմանություն են: BLAST-ում որոնման նմանությունները հայտնի են որպես դրական:
Նկար 02. Զույգ հավասարեցում
Պահպանողական մուտացիա տեղի է ունենում, երբ ամինաթթուն մուտացիայի է ենթարկվում նմանատիպ մնացորդի՝ պահպանելով ֆիզիկաքիմիական հատկությունները: Օրինակ, եթե արգինինը +1 դրական լիցքով փոխակերպվում է լիզինի, դա ընդունված է, քանի որ երկու ամինաթթուները նման են իրենց հատկությանը և չեն փոխում թարգմանված սպիտակուցը: Հետևաբար, նմանության չափումները կախված են այն չափանիշներից, թե ինչպես են երկու ամինաթթուների մնացորդները միմյանց նկատմամբ:
Որո՞նք են նմանությունները բիոինֆորմատիկայում հոմոլոգիայի և նմանության միջև:
- Հոմոլոգիան և նմանությունը երկու տեխնիկական տերմիններ են, որոնք մենք հանդիպում ենք կենսաինֆորմատիկայում:
- Ավելին, երկու տերմիններն էլ վերաբերում են հաջորդականությունների մոլեկուլային վերլուծությանը:
Ո՞րն է տարբերությունը բիոինֆորմատիկայի հոմոլոգիայի և նմանության միջև:
Հոմոլոգիան վերաբերում է երկու հաջորդականությունների ընդհանուր էվոլյուցիոն ծագման մասին հայտարարությանը, մինչդեռ նմանությունը վերաբերում է երկու հաջորդականությունների միջև նմանության աստիճանին: Այսպիսով, սա բիոինֆորմատիկայի հոմոլոգիայի և նմանության հիմնական տարբերությունն է: Բացի այդ, հոմոոլոգիան չի կարող հաշվարկվել, քանի որ այն կարող է լինել ճիշտ կամ կեղծ և սովորաբար կախված է վարկածից, մինչդեռ նմանությունը հեշտությամբ կարելի է հաշվարկել որպես նմանատիպ մնացորդների տոկոս՝ հավասարեցման տվյալ երկարության վրա: Հետևաբար, սա զգալի տարբերություն է բիոինֆորմատիկայի հոմոլոգիայի և նմանության միջև:
Հետևյալ ինֆոգրաֆիկայում թվարկված է կենսաինֆորմատիկայի համաբանության և նմանության տարբերությունը:
Ամփոփում – Հոմոլոգիան ընդդեմ նմանության կենսաինֆորմատիկայում
Համառոտ, կենսաինֆորմատիկայի համաբանության և նմանության հիմնական տարբերությունը կայանում է նրանց սահմանումների մեջ: Հոմոլոգիան երկու հաջորդականությունների ընդհանուր էվոլյուցիոն ծագման հայտարարություն է, մինչդեռ նմանությունը երկու հաջորդականությունների նմանությունն է: Հոմոլոգիան առաջանում է օրթոլոգների, պարալոգների և քսենոլոգների շնորհիվ: Նմանությունը եզրակացնելիս հնարավոր է օգտագործել այնպիսի ալգորիթմներ, ինչպիսիք են FastA, BLAST և LALIGN: Հոմոլոգիան չի կարող արտահայտվել որպես հաշվարկ, բայց նմանությունը կարող է արտահայտվել որպես հավասարեցման տվյալ երկարության վրա համանման մնացորդների տոկոս:Այսպիսով, սա բիոինֆորմատիկայի մեջ հոմոլոգիայի և նմանության տարբերության ամփոփումն է:
