Հաջորդականության հավասարեցման մեջ նմանության և նույնականության հիմնական տարբերությունն այն է, որ նմանությունը համեմատության մեջ երկու հաջորդականությունների միջև նմանությունն է (նմանությունը), մինչդեռ նույնությունը նիշերի քանակն է, որոնք ճշգրիտ համընկնում են երկու տարբեր հաջորդականությունների միջև:
Կենսաինֆորմատիկան գիտության միջդիսցիպլինար ոլորտ է, որը հիմնականում ներառում է մոլեկուլային կենսաբանություն և գենետիկա, համակարգչային գիտություն, մաթեմատիկա և վիճակագրություն: Հերթականության հավասարեցումը բիոինֆորմատիկայի հիմնական տերմին է: Դա այն ընթացակարգն է, որով ԴՆԹ-ի, ՌՆԹ-ի կամ սպիտակուցի հաջորդականությունները դասավորվում են՝ բացահայտելու նմանության շրջանները, որոնք հետևանք են հաջորդականությունների միջև ֆունկցիոնալ, կառուցվածքային կամ էվոլյուցիոն հարաբերությունների:Հավասարեցման վերջում դրանք կներկայացվեն որպես տողեր մատրիցայի մեջ: Միանման նիշերը հաջորդական սյունակներում հավասարեցնելու համար մնացորդների միջև առկա են զետեղված բացեր:
Ի՞նչ է նմանությունը:
Հաջորդականության հավասարեցման նմանությունը երկու հաջորդականությունների միջև համեմատության դեպքում նմանությունն է: Այս փաստը կախված է հաջորդականությունների ինքնությունից: Նմանությունը ցույց է տալիս, թե որքանով են մնացորդները հավասարեցված: Այսպիսով, նմանատիպ հաջորդականությունները պարունակում են նմանատիպ հատկություններ: Կենսաինֆորմատիկայի մեջ նմանությունը երկու սպիտակուցների նմանությունը գնահատելու գործիք է:
Նկար 01. Նմանություն հաջորդականության դասավորվածության մեջ
Հավասարեցման գործընթացի հաջորդականության երկու հիմնական քայլ կա: Սկզբնական քայլը զույգ-ուղղված հավասարեցումն է, որն օգնում է գտնել օպտիմալ հավասարեցում երկու հաջորդականությունների միջև (ներառյալ բացերը)՝ օգտագործելով ալգորիթմներ, ինչպիսիք են BLAST, FastA և LALIGN:Համապատասխան ալգորիթմը գտնում է խմբագրման գործողությունների նվազագույն քանակը. in-dels և փոխարինումներ՝ մի հաջորդականությունը մյուս հաջորդականությանը հավասարեցնելու համար: Զույգ-իմաստուն հավասարեցումից հետո յուրաքանչյուր զույգ համեմատությունից անհրաժեշտ է ստանալ երկու քանակական պարամետր: Դրանք ինքնություն և նմանություն են։
Ի՞նչ է ինքնությունը:
Հաջորդականության հավասարեցման մեջ նույնականությունը նիշերի քանակն է, որոնք ճիշտ համընկնում են երկու տարբեր հաջորդականությունների միջև: Հետևաբար, ինքնությունը գնահատելիս բացերը հաշվի չեն առնվում: Չափումը համարվում է հարաբերական երկու հաջորդականությունների միջև ավելի կարճ հաջորդականության հետ: Դա զգալիորեն ենթադրում է, որ այն ունի ազդեցություն, որտեղ հաջորդականության նույնականությունը անցողիկ չէ: Եթե X=Y և Y=Z, ապա X-ը պարտադիր չէ, որ հավասար լինի Z-ին: Սա հանգում է նույնական հեռավորության չափման:
Նկար 02. Ինքնությունը հաջորդականության դասավորվածության մեջ
Օրինակ, X-ն ունի AAGGCTT-ի հաջորդականություն, Y-ն ունի AAGGC-ի հաջորդականություն, իսկ Z-ն ունի AAGGCAT-ի հաջորդականություն: X-ի և Y-ի միջև նույնականությունը 100% է {5 նույնական նուկլեոտիդներ / րոպե[երկարություն(X), երկարություն(Y)]}: Y-ի և Z-ի միջև նույնականությունը նույնպես 100% է: Սակայն X-ի և Z-ի միջև նույնականությունը կազմում է ընդամենը 85% {(6 նույնական նուկլեոտիդներ / 7)}:
Որո՞նք են նմանությունները հաջորդականության հավասարեցման մեջ նմանության և նույնականության միջև:
- Եվ նմանությունը և նույնականությունը երկու տերմիններ են, որոնք մենք օգտագործում ենք հաջորդականության հավասարեցման մեջ:
- Նաև դրանք վերաբերում են երկու հաջորդականությունների նմանությանը:
- Ավելին, մենք դրանք արտահայտում ենք որպես տոկոսային արժեք:
Ո՞րն է տարբերությունը նմանության և նույնականության միջև հաջորդականության հավասարեցման մեջ:
Հավասարեցման նմանությունը ցույց է տալիս երկու հաջորդականությունների միջև եղած նմանությունը, երբ համեմատվում է, մինչդեռ նույնականությունը հաջորդականության հավասարեցման մեջ ցույց է տալիս նիշերի քանակը, որոնք ճշգրիտ համընկնում են երկու տարբեր հաջորդականությունների միջև:Հետևաբար, սա է հիմնական տարբերությունը նմանության և նույնականության միջև հաջորդականության դասավորվածության մեջ:
Ամփոփում – Նմանություն ընդդեմ նույնականության հաջորդականության դասավորվածության մեջ
Հաջորդականության հավասարեցումն օգնում է բացահայտել ԴՆԹ-ի, ՌՆԹ-ի կամ սպիտակուցի նմանության շրջանները, որոնք առաջացել են հաջորդականությունների միջև ֆունկցիոնալ, կառուցվածքային կամ էվոլյուցիոն կապի հետևանքով: Հետևաբար, նմանությունը և ինքնությունը երկու հիմնական տերմիններ են հաջորդականության դասավորվածության համատեքստում: Այս երկու տերմինների հիմնական տարբերությունն այն է, որ նմանությունը համեմատության մեջ երկու հաջորդականությունների միջև նմանությունն է, մինչդեռ ինքնությունը նիշերի քանակն է, որոնք ճշգրիտ համընկնում են երկու տարբեր հաջորդականությունների միջև: Այսպիսով, սա հաջորդականության դասավորվածության մեջ նմանության և ինքնության տարբերության ամփոփումն է:
