Պոլիսոմների պրոֆիլավորման և ռիբոսոմի պրոֆիլավորման հիմնական տարբերությունն այն է, որ պոլիսոմային պրոֆիլավորումը վերլուծում է ռիբոսոմների վարքը՝ օգտագործելով և՛ ռիբոսոմը, և՛ mRNA (պոլիսոմը) թարգմանության ընթացքում, մինչդեռ ռիբոսոմի պրոֆիլավորումը վերլուծում է ռիբոսոմների վարքը միայն թարգմանության ընթացքում mRNA հաջորդականության միջոցով:
Թարգմանությունը սպիտակուցի սինթեզի երկրորդ փուլն է, որը փոխակերպում է mRNA-ի տեղեկատվությունը ամինաթթուների հաջորդականության: Translatomics-ը ORF-ների (բաց ընթերցման շրջանակների) ուսումնասիրություն է, որոնք ակտիվորեն թարգմանվում են օրգանիզմի բջիջում: Պոլիսոմների և ռիբոսոմների պրոֆիլավորման տեխնիկան մոլեկուլային կենսաբանության ոլորտում երկու տեսակի տեխնիկա են՝ տրանսլատոմի վերլուծության համատեքստում տարբեր պարամետրեր գնահատելու և եզրակացնելու համար:
Ի՞նչ է պոլիսոմային պրոֆիլավորումը:
Պոլիզոմների պրոֆիլավորումը տեխնիկա է, որը ենթադրում է կոնկրետ mRNA-ի թարգմանության կարգավիճակը՝ վերլուծելով ինչպես ռիբոսոմի, այնպես էլ mRNA-ի (պոլիսոմի) վարքը: Այլ կերպ ասած, այս տեխնիկան տալիս է տվյալներ և եզրակացություններ ռիբոսոմների հետ mRNA-ների կապի վերաբերյալ: Պոլիզոմը վերաբերում է ռիբոսոմների խմբին, որը կապված է mRNA-ին, որն առկա է թարգմանության երկարացման փուլում:
Գծապատկեր 01. պոլիսոմային պրոֆիլավորում
Պոլիզոմային պրոֆիլավորման համար անհրաժեշտ է բջիջների լիզատ, որն այնուհետև ցենտրիֆուգվում է: Այնուհետև ցենտրիֆուգված նմուշն առանձնացվում է՝ ելնելով դրանց խտությունից՝ բնութագրելու ռիբոսոմների փոքր և մեծ ենթամիավորները և համապատասխան mRNA-ն, որոնք ներգրավված են պոլիսոմի ձևավորման մեջ:Ավելին, գործընթացը ներառում է նաև օպտիկական խտության չափում: Փորձագետներից պահանջվում է կատարել պոլիսոմային պրոֆիլավորում:
Պոլիզոմային պրոֆիլավորման տեխնիկան կարևոր գործիք է բազմաթիվ ծրագրերի համար: Գիտնականներն այս տեխնիկան օգտագործում են բջիջներում թարգմանության աստիճանը ուսումնասիրելու համար: Ավելի կոնկրետ, դա գործիք է առանձին սպիտակուցների և դրանց հատուկ mRNA-ների ուսումնասիրության վերաբերյալ ճշգրիտ տեղեկատվություն տրամադրելու համար: Որոշակի mRNA-ի թարգմանության աստիճանի ուսումնասիրության համատեքստում կենսական նշանակություն ունի պոլիսոմային պրոֆիլավորման տեխնիկան: Այստեղ mRNA-ի 3' և 5' հաջորդականությունները կարելի է ուսումնասիրել՝ հաշվի առնելով դրանց ազդեցությունը արտադրված mRNA-ի քանակի և թարգմանության մակարդակի վրա:
Ի՞նչ է ռիբոսոմային պրոֆիլավորումը:
Ռիբոսոմի պրոֆիլավորումը տեխնիկա է, որը վերլուծում է ռիբոսոմի վարքագիծը նրա mRNA-ի նկատմամբ թարգմանության ընթացքում: Այս տեխնիկան գտել և մշակել են Ջոան Սթեյցը և Մերիլին Կոզակը: Հետագայում այս տեխնոլոգիան հետագայում մշակվեց երկու գիտնականների՝ Նիկոլասի և Ջոնաթանի կողմից՝ հաջորդ սերնդի հաջորդականացման հետ համատեղ, ինչը հանգեցրեց տարբեր հարակից տեխնիկայի մշակմանը, ինչպիսին է Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP) մեթոդաբանությունը:
Նկար 02. Ռիբոսոմի հաջորդականություն
Ռիբոսոմի պրոֆիլավորման ընթացակարգը ներառում է mRNA-ի մեկուսացում, ՌՆԹ-ի հեռացում, որը կապված չէ ռիբոսոմների հետ և առանձնացնում է ռիբոսոմների հետ կապված mRNA-ն: Այս պրոցեդուրայից հետո mRNA մեկուսացումը հակադարձ տառադարձվում է, և տեղի է ունենում cDNA սինթեզ: Վերջապես, հաջորդականության տվյալները կարող են համահունչ լինել թարգմանչական պրոֆիլի հետ՝ պարզելու ռիբոսոմի վարքագծի բնութագրերը mRNA-ի նկատմամբ:
Ռիբոսոմի պրոֆիլավորումն օգնում է շատ հետազոտողների բացահայտել և եզրակացնել թարգմանության սկզբնական վայրերի գտնվելու վայրը, թարգմանված բաց ընթերցման շրջանակների (ORFs) լրացումը բջիջում կամ հյուսվածքում, ռիբոսոմների բաշխումը mRNA-ի վրա և արագությունը: ռիբոսոմների թարգմանություն. Ռիբոսոմի պրոֆիլավորումը հայտնի է նաև որպես ռիբոսոմային ոտնահետք կամ Ribo Seq:
Որո՞նք են նմանությունները պոլիսոմային պրոֆիլավորման և ռիբոսոմային պրոֆիլավորման միջև:
- Պոլիզոմների և ռիբոսոմների պրոֆիլավորումը մոլեկուլային կենսաբանական մեթոդներ են, որոնք կարևոր են հետազոտության մեջ:
- Նրանք տեղեկատվություն են տրամադրում թարգմանության գործընթացի մասին:
- Պրոֆիլավորման երկու գործընթացներն էլ տվյալներ են տալիս թարգմանության վերլուծության միջոցով:
- Պահանջվում են պրոֆեսիոնալ փորձագետներ՝ երկու տեխնիկան էլ ճշգրիտ արդյունքների համար:
- Կենսաինֆորմատիկայի գործիքները կարևոր դեր են խաղում երկու տեխնիկայում:
Ո՞րն է տարբերությունը պոլիսոմային պրոֆիլավորման և ռիբոսոմային պրոֆիլավորման միջև:
Պոլիզոմային պրոֆիլավորումը վերլուծում է ռիբոսոմների վարքը՝ օգտագործելով և՛ ռիբոսոմը, և՛ mRNA (պոլիսոմը) թարգմանության ընթացքում, մինչդեռ ռիբոսոմների պրոֆիլավորումը վերլուծում է ռիբոսոմների վարքը միայն թարգմանության ընթացքում mRNA հաջորդականության միջոցով:Այսպիսով, սա հիմնական տարբերությունն է պոլիսոմային պրոֆիլավորման և ռիբոսոմի պրոֆիլավորման միջև: Ավելին, պոլիսոմային պրոֆիլավորումը ներառում է այնպիսի մեթոդներ, ինչպիսիք են խտության գրադիենտ ցենտրիֆուգումը և օպտիկական խտության չափումները, մինչդեռ ռիբոսոմների պրոֆիլավորումը ներառում է mRNA արդյունահանման և հաջորդականության տեխնիկա: Բացի այդ, ռիբոսոմային պրոֆիլավորումն ավելի ճշգրիտ է, քան պոլիսոմային պրոֆիլավորումը:
Ստորև բերված ինֆոգրաֆիկան ներկայացնում է պոլիսոմների և ռիբոսոմների պրոֆիլավորման տարբերությունները աղյուսակային տեսքով՝ կողք կողքի համեմատելու համար:
Ամփոփում – Պոլիզոմային պրոֆիլավորում ընդդեմ ռիբոսոմային պրոֆիլավորման
Թարգմանությունը սպիտակուցի սինթեզի երկրորդ փուլն է, որը ներառում է mRNA հաջորդականության մասին տեղեկատվությունը ամինաթթուների հաջորդականության փոխակերպում: Այս գործընթացը պահանջում է mRNA կաղապար, ռիբոսոմներ, ամինաթթուներ, tRNA և այլ գործոններ: Պոլիսոմների և ռիբոսոմների պրոֆիլավորումը երկու մոլեկուլային տեխնիկա են: Պոլիսոմի պրոֆիլավորումը վերլուծում է ռիբոսոմի վարքը՝ օգտագործելով և՛ ռիբոսոմը, և՛ mRNA (պոլիսոմը) թարգմանության ընթացքում, մինչդեռ ռիբոսոմի պրոֆիլավորումը վերլուծում է ռիբոսոմի վարքը միայն թարգմանության ընթացքում mRNA հաջորդականության միջոցով:Պոլիզոմային պրոֆիլավորումը ներառում է այնպիսի մեթոդներ, ինչպիսիք են խտության գրադիենտ ցենտրիֆուգումը և օպտիկական խտության չափումները: Ռիբոսոմի պրոֆիլավորումը ներառում է այնպիսի մեթոդներ, ինչպիսիք են mRNA արդյունահանումը, cDNA սինթեզը և հաջորդականությունը: Այսպիսով, սա ամփոփում է տարբերությունը պոլիսոմային պրոֆիլավորման և ռիբոսոմային պրոֆիլավորման միջև:
