Կոնտիգի և փայտամածի միջև հիմնական տարբերությունն այն է, որ կոնտիգը բացեր չունի, մինչդեռ փայտամածը բաղկացած է փորվածքներից և բացերից:
Բազմաբջջային օրգանիզմների գենոմի հաջորդականությունը շատ դժվար է՝ համեմատած միաբջիջ օրգանիզմների հաջորդականության հետ։ Ամբողջ գենոմով որսորդական հրացանի հաջորդականությունը գենոմի հաջորդականության հեշտ և արագ մեթոդ է բազմաբջիջ գենոմների համար: Դա մի մեթոդ է, որը զուգահեռաբար հաջորդականացնում է բազմաթիվ համընկնող ԴՆԹ բեկորներ: Այս մեթոդով փոքր բեկորները հավաքվում են ավելի մեծ բեկորների մեջ, այնուհետև համակարգչի միջոցով ավելի մեծ բեկորների մեջ: Այնուհետև ծայրերը հավաքվում են փայտամածների և վերջապես քրոմոսոմի մեջ: Հետևաբար, contig-ը նուկլեոտիդային հաջորդականությունների շարունակական ձգում է, մինչդեռ փայտամածը գենոմի մի մասն է, որը բաղկացած է կոնտիգներից և բացերից:Ե՛վ կոնտիգը, և՛ փայտամածը վերակառուցված գենոմային հաջորդականություններ են:
Ի՞նչ է Contig-ը:
Contig-ը գենոմային հաջորդականություն է: Այն իրենից ներկայացնում է A, C, G և T հիմքերից կազմված հաջորդականությունների շարունակական ձգում: Այն ձևավորվում է ԴՆԹ-ի մի քանի փոքր համընկնող բիթերը ավելի երկար հաջորդականության մեջ միավորելով: Պարզ խոսքերով, contig-ը հաջորդականության բեկորների մի շարք է: Contig-ի ստեղծումը ներառում է համընկնող հաջորդականության բեկորների նույնականացում՝ հիմնված տողերի տեղական համապատասխանության և հավասարեցման մեթոդների վրա, որոնք նույնականացնում են հաջորդականությունների համընկնող ծայրերը:
Կոնտիգները բացեր չունեն: Դա փայտամածի մի մասն է։ Լաստակ ստեղծելիս կոնտիգները շղթայված են իրար: Այն պահանջում է լրացուցիչ տեղեկություններ գենոմում կոնտիգների հարաբերական դիրքի և կողմնորոշման մասին: Բացերը առանձնացնում են խարույկները փայտամածի մեջ:Ըստ էության, կոնտիգի հավաքումը կարևոր քայլ է ամբողջ գենոմի որսորդական հրացանի հաջորդականության մեջ: Կոնտիգերը վերջապես հավաքվում են ամբողջական գենոմային հաջորդականության մեջ: Contig հավաքումը սովորաբար պահանջում է ալգորիթմների ըմբռնում տողերի համապատասխանության և հաջորդականության հավասարեցման մեջ:
Ի՞նչ է փայտամածը
Լաստամանը վերակառուցված գենոմային հաջորդականություն է վերջնական հաջորդականությամբ ամբողջ գենոմով որսորդական հրացանների կլոններից: Կառուցվածքային առումով, փայտամածը բաղկացած է խցիկներից և բացերից: Հետևաբար, փայտամածները ստեղծվում են՝ իրար շղթայելով կապանքները և դրանք բաժանելով բացերով: Լաստամանի ստեղծման համար անհրաժեշտ է տեղեկատվություն գենոմում կոնտիգների հարաբերական դիրքի և կողմնորոշման վերաբերյալ: Ամբողջ գենոմով որսորդական հրացանի հավաքումը նպատակ ունի ներկայացնել յուրաքանչյուր գենոմային հաջորդականությունը մեկ փայտամածում: Բայց դա այնքան էլ հնարավոր չէ։ Այսպիսով, մեկ քրոմոսոմը կարող է ներկայացված լինել մի քանի փայտամածներով: Երբեմն փայտամածները կարող են համընկնել: Ավելին, որոշ փայտամածներ կարող են զտվել հավաքման ընթացքում:
Գծապատկեր 02. Ամբողջ գենոմային որսորդական հրացանի հավաքման ակնարկ
Լաստամանի բացվածքի երկարությունը ցույց չի տալիս դրա իրական երկարությունը: Ընդհանրապես, բացերը կամայականորեն սահմանվում են որոշակի ֆիքսված երկարությունների: Հետևաբար, դրանց երկարության այս բացերն ու անորոշությունները խնդիրներ են ստեղծում գենոմներում ֆունկցիոնալ տարրերի իրական տարածական հարաբերությունները և բացակայող տեղեկատվության իրական չափը հասկանալու համար: Երբեմն բացերը ներկայացնում են բացակայող գենոմային տեղեկատվություն:
Որո՞նք են նմանությունները Contig-ի և Scaffold-ի միջև:
- Contig-ը և scaffold-ը գենոմային հաջորդականություններ են՝ կազմված նուկլեոտիդային հաջորդականություններից:
- Լաստամածները կազմված են գագաթներից և բացերից:
Ո՞րն է տարբերությունը Contig-ի և Scaffold-ի միջև:
Կոնտիգը շարունակական հաջորդականություն է, որը հավաքվում է հաջորդականության բեկորների մի շարքից:Ի հակադրություն, փայտամածը գենոմային հաջորդականության մի մասն է, որը վերակառուցվում է իրար շղթայական կապելով: Այսպիսով, սա հիմնական տարբերությունն է կոնտիգի և փայտամածի միջև: Ավելին, կոնտիգները բացեր չունեն, մինչդեռ փայտամածի ծայրերը բաժանված են բացերով:
Ստորև ինֆոգրաֆիկայում ներկայացված են ավելի շատ տարբերություններ կոնտիգի և փայտամածի միջև:
Ամփոփում – Contig vs Scaffold
Եվ կոնտիգը և փայտամածը վերականգնված նուկլեոտիդային հաջորդականություններ են ամբողջ գենոմի հաջորդականության նախագծերում: Contig-ը գենոմային հաջորդականության շարունակական հատված է, որը պարունակում է A, C, G և T հիմքեր՝ առանց բացերի: Փայտամածը գենոմային հաջորդականություն է, որը բաղկացած է կոնտիգներից և բացերից: Հետևաբար, հավաքման ամենակարճ բաղադրամասերը կոնտակտներ են, մինչդեռ փայտամածները կոնտիգների հավաքույթներ են: Վերջապես, փայտամածները հավաքվում են քրոմոսոմների մեջ ամբողջ գենոմի հաջորդականությամբ:Այսպիսով, սա ամփոփում է կոնտիգի և փայտամածի միջև եղած տարբերությունը:
