Հիմնական տարբերություն – RAPD ընդդեմ RFLP
Գենետիկական մարկերները օգտագործվում են մոլեկուլային կենսաբանության մեջ՝ բացահայտելու անհատների և տեսակների միջև գենետիկական տատանումները: Պատահական ուժեղացված պոլիմորֆ ԴՆԹ (RAPD) և սահմանափակող հատվածի երկարության պոլիմորֆիզմը (RFLP) երկու կարևոր մոլեկուլային մարկերներ են, որոնք սովորաբար օգտագործվում են լաբորատորիաներում: RAPD-ն իրականացվում է կարճ և կամայական օլիգոնուկլեոտիդային պրայմերներով, և այն հիմնված է օրգանիզմի ԴՆԹ-ի կաղապարի վրա գտնվող բազմաթիվ տեղանքների պատահական ուժեղացման վրա: RFLP-ն իրականացվում է հատուկ սահմանափակող էնդոնուկլեազով, և այն հիմնված է ստացված սահմանափակման բեկորների պոլիմորֆիզմի և հիբրիդացման վրա:RAPL-ի և RFLP-ի հիմնական տարբերությունն այն է, որ RAPD-ն PCR տեխնիկայի տեսակ է, որն իրականացվում է առանց նախնական հաջորդականության իմացության, մինչդեռ RFLP-ն ներգրավված չէ PCR-ում և պահանջում է նախնական հաջորդականության գիտելիքներ՝ տեխնիկան իրականացնելու համար:
Ի՞նչ է RAPD?
RAPD-ն օգտակար մոլեկուլային մարկեր է մոլեկուլային կենսաբանության մեջ: Դա արագ և հեշտ տեխնիկա է։ RAPD-ն կարող է սահմանվել որպես մեթոդ, որը հանգեցնում է ԴՆԹ-ի պոլիմորֆ հաջորդականությունների՝ թիրախային ԴՆԹ-ի կաղապարի մի քանի տեղակայման պատահական ուժեղացման արդյունքում: RAPD-ն օգտագործում է կարճ օլիգոնուկլեոտիդային պրայմերներ կամայական հաջորդականությամբ PCR-ի ուժեղացման համար: Պրայմերները արհեստականորեն սինթեզվում են առանց նախնական հաջորդականության իմացության: Հետևաբար, այն համարվում է հեշտ և օգտակար տեխնիկա:
Հետևյալ հիմնական քայլերը ներգրավված են RAPD-ում:
- Թիրախային ԴՆԹ-ի արդյունահանում
- Թիրախային ԴՆԹ-ի բազմաթիվ տեղակայման ուժեղացում՝ օգտագործելով պատահական ընտրված պրայմերներ
- Amplified PCR արտադրանքի գելային էլեկտրոֆորեզ
- Գունավորում էթիդիումի բրոմիդով և պոլիմորֆիզմի նույնականացում
Ապրայմերային հալման փոփոխության արդյունքում ուժեղացման ընթացքում առաջանում են տարբեր երկարություններով տարբեր բեկորներ: Հետևաբար, գելերի վրա ժապավենային նախշերը տարբեր են անհատների և տեսակների միջև: Այսպիսով, RAPD-ն հնարավորություն է տալիս հայտնաբերել գենետիկական տատանումները օրգանիզմների միջև նույնականացման և տարբերակման մեջ:
RAPD-ն կիրառվում է մոլեկուլային կենսաբանության տարբեր հետազոտություններում, ինչպիսիք են սերտ կապված տեսակների միջև գենետիկական տարբերության նույնականացումը, գեների քարտեզագրումը, ԴՆԹ-ի մատնահետքերը, ժառանգական հիվանդությունների նույնականացումը և այլն:
Նկար 01. RAPD
Ինչ է RFLP?
Սահմանափակման բեկորների երկարության պոլիմորֆիզմները (RFLPs) մոլեկուլային մարկեր է, որն օգտագործվում է մոլեկուլային կենսաբանության մեջ՝ նույնականացնելու ԴՆԹ-ի հոմոլոգ հաջորդականությունների գենետիկական տատանումները: Դա առաջին գենետիկ մարկերն է, որը մշակվել է ԴՆԹ մատնահետքերի համար: Բոլոր օրգանիզմները արտադրում են եզակի ԴՆԹ պրոֆիլներ, երբ սահմանափակվում են հատուկ սահմանափակող ֆերմենտներով: RFLP-ն ծառայում է որպես կարևոր գործիք անհատների ԴՆԹ-ի եզակի պրոֆիլներ ստեղծելու և նրանց միջև գենետիկ տատանումների հայտնաբերման գործում: Երբ ԴՆԹ-ի նմուշները մարսվում են հատուկ սահմանափակող էնդոնուկլեազներով, այն տալիս է ԴՆԹ-ի տարբեր պրոֆիլներ, որոնք յուրահատուկ են յուրաքանչյուր անհատի համար: Հետևաբար, այս մեթոդի սկզբունքը օրգանիզմների միջև գենետիկ տատանումների հայտնաբերումն է` սահմանափակելով հոմոլոգ ԴՆԹ-ն հատուկ սահմանափակող ֆերմենտներով և բեկորների երկարության պոլիմորֆիզմի վերլուծությունը գելային էլեկտրոֆորեզի և բլոթի միջոցով: Բլոտման ձևերը եզակի են յուրաքանչյուր օրգանիզմի համար և բնութագրում են հատուկ գենոտիպերը:
Հետևյալ քայլերը կապված են RFLP-ի հետ:
- Նմուշներից բավարար քանակությամբ ԴՆԹ-ի մեկուսացում
- ԴՆԹ-ի նմուշների մասնատում հատուկ սահմանափակող էնդոնուկլեազներով կարճ հաջորդականությամբ
- Ստացված տարբեր երկարություններով բեկորների առանձնացում ագարոզայի գելային էլեկտրոֆորեզով։
- Գելային պրոֆիլի տեղափոխում թաղանթ՝ հարավային բլոտինգով
- Մեմբրանի հիբրիդացում պիտակավորված զոնդերով և բեկորների երկարության պոլիմորֆիզմի վերլուծություն յուրաքանչյուր պրոֆիլում
RFLP-ն ունի տարբեր կիրառություններ, ինչպիսիք են ժառանգական հիվանդությունների ախտորոշումը, գենոմի քարտեզագրումը, քրեական նույնականացումը դատաբժշկական հետազոտություններում, հայրության թեստավորումը և այլն:
Գծապատկեր 02. RFLP գենոտիպավորում
Ո՞րն է տարբերությունը RAPD-ի և RFLP-ի միջև:
RAPD ընդդեմ RFLP |
|
| RAPD-ը մոլեկուլային մարկեր է՝ հիմնված պատահական պրայմերների և PCR-ի վրա: | RFLP-ը մոլեկուլային մարկեր է, որը հիմնված է տարբեր երկարությունների սահմանափակման բեկորների արտադրության վրա: |
| Պարտադիր նմուշ | |
| ԴՆԹ-ի փոքր նմուշները բավարար են RAPD վերլուծության համար: | Մեծ քանակությամբ արդյունահանված ԴՆԹ նմուշ է պահանջվում RFLP վերլուծության համար: |
| Ժամանակ | |
| RAPD-ն արագ գործընթաց է: | RFLP-ը ժամանակատար գործընթաց է: |
| Primer Use | |
| Օգտագործվում են պատահական այբբենարաններ և նույն այբբենարանները կարող են օգտագործվել տարբեր տեսակների համար: | Տեսակներին հատուկ զոնդեր օգտագործվում են RFLP-ում հիբրիդացման համար: |
| Հուսալիություն | |
| Տեխնիկայի հուսալիությունը RFLP-ի համեմատ ավելի քիչ է: | RFLP-ը հուսալի տեխնիկա է: |
| Blotting | |
| RAPD-ն ներառում է հարավային բլոտինգ։ | Southern blotting-ը RFLP-ի մեկ քայլն է: |
| Ալելային տատանումների հայտնաբերում | |
| Ալելային տատանումները հնարավոր չէ հայտնաբերել RAPD-ի կողմից: | Ալելային տատանումները կարող են հայտնաբերվել RFLP-ի միջոցով: |
| Հաջորդականության իմացության կարիք | |
| RAPD-ը չի պահանջում հաջորդականության նախնական գիտելիքներ: | Զոնդի նախագծման համար անհրաժեշտ է հաջորդականության նախնական գիտելիքներ: |
| PCR | |
| PCR-ն ներգրավված է RAPD-ի հետ | PCR-ն ներգրավված չէ RFLP-ի հետ: |
| Վերարտադրելիություն | |
| RAPD-ն ունի ցածր վերարտադրելիություն | RFLP-ն ունի բարձր վերարտադրելիություն՝ համեմատած RAPD-ի հետ: |
Ամփոփում – RAPD vs RFLP
RAPD-ն և RFLP-ը կարևոր մարկերներ են, որոնք օգտագործվում են մոլեկուլային կենսաբանության մեջ: Երկու մեթոդներն էլ ի վիճակի են հայտնաբերելու օրգանիզմների միջև գենետիկ տատանումները: RAPD-ն իրականացվում է պատահական այբբենարանների միջոցով: RFLP-ն իրականացվում է հատուկ սահմանափակող ֆերմենտների միջոցով: Երկու մեթոդներն էլ արտադրում են առանձին օրգանիզմների համար եզակի ԴՆԹ պրոֆիլներ: RAPD-ն ներառում է համեմատաբար քիչ քայլեր, քան RFLP-ն: Բայց դա ավելի քիչ հուսալի և վերարտադրելի արդյունքներ է տալիս, քան RFLP-ն: Սա RAPD-ի և RFLP-ի հիմնական տարբերությունն է:
