Հիմնական տարբերություն – AFLP ընդդեմ RFLP
ԴՆԹ-ի ուսումնասիրությունները հսկայական նշանակություն ունեն ֆիլոգենետիկ հարաբերությունները հասկանալու և որոշելու, գենետիկ հիվանդությունների ախտորոշման և օրգանիզմի գենոմների քարտեզագրման գործում: ԴՆԹ-ի վերլուծության հետ կապված մի քանի տեխնիկա նույնպես օգտագործվում են որոշակի գենի կամ ԴՆԹ-ի հաջորդականության նույնականացման համար անհայտ ԴՆԹ-ի լողավազանում: Նրանք հայտնի են որպես մոլեկուլային մարկերներ: Ընդլայնված հատվածի երկարության պոլիմորֆիզմը (AFLP) և սահմանափակող բեկորների երկարության պոլիմորֆիզմը (RFLP) երկու այդպիսի մոլեկուլային մարկերներ են (մեթոդներ), որոնք մշակվել են մոլեկուլային կենսաբանության մեջ՝ օրգանիզմների միջև գենետիկ տատանումները հայտնաբերելու համար: Երկու մեթոդներն էլ հավասարապես կարևոր են և ունեն առավելություններ և թերություններ:AFLP-ի և RFLP-ի հիմնական տարբերությունն այն է, որ AFLP-ն ներառում է մարսված ԴՆԹ-ի ընտրովի PCR ուժեղացում, մինչդեռ RFLP-ն չի ներառում ԴՆԹ-ի հատվածների ընտրովի PCR ուժեղացում:
Ինչ է AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) կարևոր գործիք է մոլեկուլային կենսաբանության մեջ և լայնորեն օգտագործվում է գենետիկ տատանումների վերլուծության մեջ: AFLP-ն հիմնված է մասնատված գենոմային ԴՆԹ-ի հատուկ PCR ամպլիֆիկացիայի և պոլիմորֆիզմի հայտնաբերման վրա ավտոռադիոգրաֆիայի միջոցով գելային էլեկտրոֆորեզի միջոցով: AFLP-ն լայնորեն նպաստում է տարբեր թագավորությունների շտամների կամ սերտորեն կապված տեսակների գենետիկական տարբերությունների բացահայտմանը, ներառյալ բույսերը, կենդանիները, բակտերիաները և սնկերը: AFLP-ն կարող է իրականացվել փոքր քանակությամբ անհայտ ԴՆԹ-ի նմուշներով: Այն չի պահանջում հաջորդականության նախնական գիտելիքներ և զոնդերի նախագծում:
AFLP-ի քայլեր
- ԴՆԹ-ի մեկուսացում
- ԴՆԹ-ի մարսողություն սահմանափակող էնդոնուկլեազներով
- Սահմանափակված ԴՆԹ-ի բեկորների կապակցում ադապտերներով
- Ֆրագմենտների ընտրովի ուժեղացում հատուկ սահմանափակման վայրերով
- PCR արտադրանքի առանձնացում գելային էլեկտրոֆորեզով
- Գելային մատրիցայի վիզուալացում ավտոռադիոգրաֆի միջոցով
AFLP-ն ավելի զգայուն և վերարտադրելի մեթոդ է, որը կարող է օգտագործվել մի քանի տաքսոնների ԴՆԹ-ի պրոֆիլավորման համար, ներառյալ սնկերը, բակտերիաները, բույսերը և կենդանիները՝ առանց ԴՆԹ-ի հաջորդականությունների նախնական իմացության: Այն օգնում է բացահայտելու փոքր տարբերությունները պոպուլյացիաների անհատների միջև՝ իր խիստ զգայուն բնույթի պատճառով: AFLP-ն կարևոր է նաև գենոմի քարտեզագրման, դատաբժշկական հետազոտությունների, ծնողների թեստավորման, գենոտիպավորման և այլնի մեջ:
Նկար 01. AFLP
Ի՞նչ է RFLP?
Սահմանափակման բեկորների երկարության պոլիմորֆիզմները (RFLPs) տեխնիկա է, որն օգտագործվում է նույնական ԴՆԹ-ի հաջորդականությունների գենետիկական տատանումները հայտնաբերելու համար:Դա ԴՆԹ-ի պրոֆիլավորման համար մշակված առաջին մեթոդն է։ Օրգանիզմներն ունեն եզակի ԴՆԹ մատնահետքեր կամ ԴՆԹ պրոֆիլներ։ RFLP-ն ծառայում է որպես կարևոր գործիք ներտեսակային կամ սերտորեն կապված օրգանիզմների ԴՆԹ-ի պրոֆիլների միջև տատանումների վերլուծության համար, քանի որ հոմոլոգ հաջորդականություններն ունեն տարբեր սահմանափակման վայրեր (տեղակայումներ), որոնք յուրահատուկ են որոշակի օրգանիզմի համար: Երբ հոմոլոգ ԴՆԹ-ն մարսվում է հատուկ սահմանափակող էնդոնուկլեազներով, դա կհանգեցնի ԴՆԹ-ի տարբեր պրոֆիլների, որոնք յուրահատուկ են յուրաքանչյուր անհատի համար: Հետևաբար, այս մեթոդի սկզբունքը օրգանիզմների միջև գենետիկ տատանումների հայտնաբերումն է` սահմանափակելով հոմոլոգ ԴՆԹ-ն հատուկ սահմանափակող ֆերմենտներով և բեկորների երկարության պոլիմորֆիզմի վերլուծությունը գելային էլեկտրոֆորեզի և բլոթի միջոցով: Բլոտման ձևերը եզակի են յուրաքանչյուր օրգանիզմի համար և բնութագրում են հատուկ գենոտիպերը:
RFLP-ի քայլեր
- Նմուշներից բավարար քանակությամբ ԴՆԹ-ի մեկուսացում
- ԴՆԹ-ի նմուշների մասնատում հատուկ սահմանափակող էնդոնուկլեազներով կարճ հաջորդականությամբ
- Ստացված տարբեր երկարություններով բեկորների առանձնացում ագարոզայի գելային էլեկտրոֆորեզով։
- Գելային պրոֆիլի տեղափոխում թաղանթ՝ հարավային բլոտինգով
- Մեմբրանի հիբրիդացում պիտակավորված զոնդերով և բեկորների երկարության պոլիմորֆիզմի վերլուծություն յուրաքանչյուր պրոֆիլում
RFLP-ը շատ կարևոր տեխնիկա է հիվանդության ժառանգականությունը հայտնաբերելու և ընտանիքի անդամների շրջանում հիվանդության առաջացման ռիսկը հայտնաբերելու համար: RFLP-ն հաճախ օգտագործվում է նաև գենոմի քարտեզագրման, դատաբժշկական փորձաքննության, հայրության թեստավորման և այլն հանցագործներին բացահայտելու համար: RFLP-ն ունի նաև մի քանի սահմանափակումներ: RFLP-ն պահանջում է հաջորդականության տվյալների նախնական գիտելիքներ՝ հիբրիդացման համար զոնդերը նախագծելու համար: Այն նաև պահանջում է վերլուծության համար նմուշից ԴՆԹ-ի բավարար քանակի մեկուսացում, ինչը դժվար է դատաբժշկական հետազոտություններում:
Նկար 01. RRFLP քարտեզագրում
Ո՞րն է տարբերությունը AFLP-ի և RFLP-ի միջև:
ALFP vs RFLP |
|
| AFLP-ն ներառում է մարսված ԴՆԹ-ի ընտրովի PCR ամպլիֆիկացում: | RFLP-ը չի ներառում PCR, եթե դա PCR-RFLP չէ: |
| Հաջորդականության իմացություն | |
| Նախորդ հաջորդականության իմացությունը պարտադիր չէ։ | Նախնական հաջորդականության գիտելիքները պահանջվում են RFLP զոնդերի նախագծման համար: |
| Հուսալիություն | |
| Սա ավելի հուսալի է։ | Սա ավելի քիչ հուսալի է համեմատած AFLP-ի հետ: |
| Արդյունավետություն պոլիմորֆիզմի հայտնաբերման գործում | |
| Սա ավելի բարձր արդյունավետություն ունի պոլիմորֆիզմի հայտնաբերման հարցում, քան RFLP-ը: | Սա ավելի քիչ արդյունավետ է համեմատած AFLP-ի հետ: |
| Արժեքը | |
| Սա մի փոքր թանկ է RFLP-ի համեմատ: | Սա ավելի քիչ թանկ է AFLP-ի համեմատ: |
| Դիմումներ | |
| AFLP-ները կիրառվել են գենոմի քարտեզագրման, ԴՆԹ-ի մատնահետքերի, գենետիկական բազմազանության ուսումնասիրությունների, հայրության թեստավորման և դատաբժշկական փորձաքննության համար | RFLP վերլուծությունը կարևոր գործիք է գենոմի քարտեզագրման, գենետիկական խանգարումների գեների տեղայնացման, հիվանդության ռիսկի որոշման և հայրության թեստավորման գործում: |
Ամփոփում – AFLP vs RFLP
AFLP-ն և RFLP-ն երկու տեխնիկա են, որոնք օգտագործվում են որպես գենետիկական մարկերներ՝ մոլեկուլային կենսաբանության մեջ բազմազանության և գենետիկական հարաբերությունների գնահատման համար:AFLP-ն ծառայում է որպես արդյունավետ և զգայուն մեթոդ օրգանիզմների միջև գենետիկ պոլիմորֆիզմի հայտնաբերման համար, քան RFLP-ն: Այնուամենայնիվ, չնայած այս երկու մեթոդներն էլ տարբեր արդյունավետություն ունեն գենետիկ տատանումները հայտնաբերելու համար, դրանք դեռ օգտագործվում են ԴՆԹ մատնահետքերի և հիվանդությունների ախտորոշման համար:
