Հիմնական տարբերություն – Զոնդ ընդդեմ Primer
Մոլեկուլային զոնդը ԴՆԹ-ի կամ ՌՆԹ-ի փոքր հատված է, որը ճանաչում է ԴՆԹ-ի կամ ՌՆԹ-ի կոմպլեմենտար հաջորդականությունները և թույլ է տալիս նույնականացնել թիրախային հաջորդականությունը: Primer-ը ԴՆԹ-ի կամ ՌՆԹ-ի փոքր հատված է, որը ծառայում է որպես ԴՆԹ սինթեզի մեկնարկային կետ: Պրայմերները և զոնդերը հիբրիդացվում են կաղապարի ԴՆԹ-ի կամ թիրախային ԴՆԹ-ի լրացուցիչ նուկլեոտիդների հետ: Այնուամենայնիվ, զոնդի և այբբենարանի հիմնական տարբերությունն այն է, որ այբբենարաններն անհրաժեշտ են ԴՆԹ-ի վերարտադրության համար, մինչդեռ զոնդերը անհրաժեշտ են նմուշի ԴՆԹ-ում հատուկ հաջորդականությունների հայտնաբերման համար:
Ի՞նչ է զոնդը:
Զոնդը ԴՆԹ-ի կամ ՌՆԹ-ի փոքր հատված է, որն օգտագործվում է նմուշում թիրախային ԴՆԹ-ն կամ ՌՆԹ-ն հայտնաբերելու մոլեկուլային հիբրիդացման միջոցով:Նրանք նաև հայտնի են որպես մոլեկուլային մարկերներ: Զոնդի երկարությունը կարող է տարբեր լինել (100-ից 1000 հիմք), իսկ զոնդի նուկլեոտիդները լրացնում են թիրախային հաջորդականության մի մասը։ Հայտնաբերման հեշտության համար զոնդերը պիտակավորված են ռադիոակտիվ իզոտոպներով կամ լյումինեսցենտային ներկերով կամ հակամարմիններով: Զոնդերը կապվում են թիրախային հաջորդականության լրացուցիչ հիմքերի հետ և բացահայտում են թիրախային ԴՆԹ-ի կամ ՌՆԹ-ի առկայությունը նմուշում: Գոյություն ունեն զոնդերի պիտակավորման երկու հիմնական եղանակ՝ վերջի պիտակավորում և նիկի թարգմանություն: Զոնդերը դասակարգվում են տարբեր տեսակների, այդ թվում՝ ԴՆԹ-ի, ՌՆԹ-ի, cDNa զոնդերի և սինթետիկ օլիգոնուկլեոտիդների զոնդերի, և դրանք պատրաստվում են տարբեր տեխնիկայի կիրառմամբ:
Զոնդերը կարևոր գործիքներ են բազմաթիվ մանրէաբանական և մոլեկուլային ոլորտներում, ինչպիսիք են վիրուսաբանությունը, դատական պաթոլոգիան, հայրության թեստը, ԴՆԹ-ի մատնահետքերը, գենետիկական հիվանդությունների հայտնաբերումը, RFLP, մոլեկուլային ցիտոգենետիկան, in situ հիբրիդացումը և այլն:
Նկար 01. Ֆլյուորեսցենտով պիտակավորված զոնդ, որն օգտագործվում է FISH-ում՝ պաթոգեն հայտնաբերման համար
Ի՞նչ է այբբենարանը:
Primer-ը ԴՆԹ-ի կամ ՌՆԹ-ի կարճ հատված է, որը ծառայում է որպես ԴՆԹ-ի սինթեզի նախաձեռնող: ԴՆԹ պոլիմերազային ֆերմենտը նուկլեոտիդներ է ավելացնում այբբենարանի հաջորդականության 3' OH խմբին և սինթեզում է նոր շղթան, որը լրացնում է ԴՆԹ-ի ձևանմուշը: Պրայմերները շատ կարճ բեկորներ են՝ 18-ից 20 նուկլեոտիդների երկարությամբ: Դրանք քիմիապես սինթեզվում են լաբորատորիայում՝ in vitro ԴՆԹ-ի ուժեղացման (PCR) համար։ Պրայմերները կարող են ունենալ նուկլեոտիդների ցանկացած հաջորդականություն, քանի որ դրանք նախագծված են օգտագործողի կողմից: Դրանք սինթեզվում են, որպեսզի համապատասխանեն կաղապարի ԴՆԹ-ի լրացուցիչ հիմքերին: Հետեւաբար, այն կարող է ունենալ նուկլեոտիդների ցանկացած հաջորդականություն։ Պրայմերները մեծ նշանակություն ունեն ԴՆԹ-ի վերարտադրության համար, քանի որ ԴՆԹ պոլիմերազը չի կարող սինթեզել նոր ԴՆԹ առանց նախապես գոյություն ունեցող ԴՆԹ-ի: PCR-ի համար պրայմերներ նախագծելիս պետք է հաշվի առնել հետևյալ կետերը՝
- Պրայմերները պետք է պարունակեն լրացուցիչ նուկլեոտիդներ ԴՆԹ-ի կողային ծայրին, որը ցանկանում է ուժեղանալ:
- Պայմերները պետք է ունենան հալման ջերմաստիճան 55 – 65 միջակայքում 0C
- G-ի և C-ի պարունակությունը պետք է լինի 50-ից մինչև 60%:
ՊՇՌ-ում օգտագործվում են երկու պրայմերներ՝ որպես առաջ և հետադարձ՝ նմուշի ԴՆԹ-ի երկու շղթաները կրկնօրինակելու համար: Պրայմերները սովորաբար օգտագործվում են PCR-ի և ԴՆԹ-ի հաջորդականացման համար:
Գծապատկեր 02. Այբբենարանի եռացում PCR-ում
Ո՞րն է տարբերությունը Probe-ի և Primer-ի միջև:
Probe vs Primer |
|
| Զոնդը ԴՆԹ/ՌՆԹ-ի փոքր հատված է, որն օգտագործվում է նմուշում թիրախային հաջորդականության առկայությունը մոլեկուլային հիբրիդացման միջոցով հայտնաբերելու համար: | Primer-ը ԴՆԹ-ի կամ ՌՆԹ-ի փոքր հատված է, որը ծառայում է որպես ԴՆԹ-ի վերարտադրության մեկնարկային կետ: |
| Ֆունկցիա | |
| Սա հայտնաբերում է որոշակի հաջորդականության առկայությունը ԴՆԹ-ի կամ ՌՆԹ-ի նմուշում: | Սա գործում է որպես ԴՆԹ սինթեզի մեկնարկային կետ: |
| Երկարություն | |
| Երկարությունը կարող է լինել 100-1000 հիմքերի միջակայքում | Երկարությունը սովորաբար մոտավորապես 18-20 հիմք է |
| Կապում լրացուցիչ հաջորդականությամբ | |
| Զոնդը հիբրիդացվում է թիրախային հաջորդականության լրացուցիչ հիմքերի հետ | Primer-ը կռում է ԴՆԹ-ի շղթաների լրացուցիչ հիմքերով: |
| Պիտակավորում | |
| Զոնդերը պիտակավորված են հեշտ հայտնաբերման համար | Պայմերները սովորաբար պիտակավորված չեն |
| Օգտագործել PCR-ում | |
| Զոնդերը չեն օգտագործվում PCR-ում | PCR-ում օգտագործվում են պրայմերներ |
Ամփոփում – Probe vs Primer
Զոնդը ԴՆԹ-ի կամ ՌՆԹ-ի հաջորդականության փոքր հատված է, որը կարող է հիբրիդացվել կոմպլեմենտար նուկլեոտիդների հետ՝ նմուշում թիրախային հաջորդականությունը հայտնաբերելու համար: Զոնդերը պիտակավորված են ռադիոակտիվ, իմունոլոգիապես կամ ֆլյուորեսցենտով, որպեսզի տեսնեն թիրախային հաջորդականության առկայությունը: Primer-ը ԴՆԹ-ի կամ ՌՆԹ-ի շատ փոքր հատված է, որը գործում է որպես ելակետ ԴՆԹ-ի in vitro ուժեղացման համար: ԴՆԹ պոլիմերազը նույնականացնում է 3' OH խմբի այբբենարանը և սկսում է նոր շղթայի կառուցումը, որը լրացնում է կաղապարը: Զոնդերը և այբբենարանները աշխատում են նույն կերպ՝ հիբրիդացնելով կոմպլեմենտար նուկլեոտիդների հետ:Այսպիսով, զոնդի և այբբենարանի հիմնական տարբերությունը նրանց հիմնական գործառույթն է:
