Նանոպորների և իլյումինայի հաջորդականության հիմնական տարբերությունն այն է, որ նանոպորների հաջորդականությունը երրորդ սերնդի հաջորդականության տեխնիկան է, որն օգտագործում է նանոպոր՝ ԴՆԹ-ի մոլեկուլի հաջորդականությունը հայտնաբերելու համար, մինչդեռ illumina-ի հաջորդականությունը երկրորդ սերնդի հաջորդականության տեխնիկա է, որն օգտագործում է շրջելի: ներկերի տերմինատորների տեխնոլոգիա՝ ԴՆԹ-ի մոլեկուլի հաջորդականությունը հայտնաբերելու համար:
ԴՆԹ-ի հաջորդականությունը ԴՆԹ-ի մոլեկուլի նուկլեոտիդի կամ բազային հաջորդականության ճշգրիտ որոշումն է: Նուկլեինաթթուների հաջորդականությունը որոշելու շատ արագ մեթոդներ կան, որոնք արագացնում են կենսաբանական և բժշկական հետազոտությունների բացահայտումները: ԴՆԹ-ի հաջորդականացման առաջին մեթոդներից մեկը (Sanger sequencing) մշակվել է Ֆրեդերիկ Սանգերի կողմից 1975 թվականին՝ ընդունելով պրայմերների երկարացման ռազմավարությունը MRC կենտրոնում, Քեմբրիջ, Մեծ Բրիտանիա:Այսօր ԴՆԹ-ի արագ հաջորդականության տեխնիկայի մեծ մասը պատկանում է երկրորդ սերնդի (հաջորդ սերնդի) և երրորդ սերնդի ԴՆԹ-ի հաջորդականության կատեգորիաներին: Nanopore և illumina sequencing-ը ԴՆԹ-ի նման երկու նոր տեխնոլոգիաներ են:
Ի՞նչ է Nanopore Sequencing?
Nanopore sequencing-ը երրորդ սերնդի հաջորդականացման տեխնիկա է, որն օգտագործում է սպիտակուցային նանոպոր՝ ԴՆԹ-ի մոլեկուլի նուկլեինաթթվի հաջորդականությունը հայտնաբերելու համար: Նանոպորների հաջորդականության ժամանակ նանոպորով անցնող ԴՆԹ-ն փոխում է իր հոսանքը: Այս փոփոխությունը կախված է ԴՆԹ-ի հաջորդականության ձևից, չափից և երկարությունից: Ստացված ազդանշանը վերծանվում է ԴՆԹ-ի կամ ՌՆԹ-ի հատուկ հաջորդականությունը ստանալու համար: Այս մեթոդը չի պահանջում փոփոխված նուկլեոտիդներ և այն գործում է իրական ժամանակում։
Գծապատկեր 01. Nanopore Sequence
Oxford Nanopore Technologies-ը հայտնի ընկերություն է, որն արտադրում է բազմաթիվ նանոպորերի հաջորդականության սարքեր: Oxford Nanopore հաջորդականության սարքերի մեծ մասն ունեն հոսքի բջիջներ: Այս հոսքի բջիջն ունի մի շարք փոքրիկ նանոծակեր, որոնք ներկառուցված են էլեկտրադիմացկուն թաղանթում: Յուրաքանչյուր նանոպոր համապատասխանում է իր էլեկտրոդին: Այս էլեկտրոդը միանում է ալիքին և սենսորային չիպին: Այս էլեկտրոդը չափում է նանոփորով հոսող էլեկտրական հոսանքը: Երբ մոլեկուլն անցնում է նանոփորով, նրա հոսանքը փոխվում է կամ խաթարվում։ Ավելին, այս խանգարումն առաջացնում է բնորոշ ճռճռոց: Այնուհետև այս կծիկը վերծանվում է՝ իրական ժամանակում որոշելու ԴՆԹ-ի կամ ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը:
Ի՞նչ է Illumina Sequencing?
Illumina հաջորդականությունը երկրորդ սերնդի հաջորդականացման մեթոդ է, որն օգտագործում է ներկերի հետադարձելի տերմինատորների տեխնոլոգիա՝ ԴՆԹ-ի մոլեկուլների հաջորդականությունը հայտնաբերելու համար: Solexa ընկերությունը, որն այժմ հանդիսանում է Illumina ընկերության մի մասը, հիմնադրվել է 1998 թվականին: Այս ընկերությունը հորինել է հաջորդականության այս մեթոդը, որը հիմնված է հետադարձելի ներկերի տերմինատորների տեխնոլոգիայի և մշակված պոլիմերազների վրա:
Նկար 02. Illumina Sequencing
Իլյումինայի հաջորդականության մեթոդում նմուշը նախ բաժանվում է կարճ հատվածների: Հետեւաբար, illumina sequencing-ում սկզբում ստեղծվում են 100-150bp կարճ ընթերցումներ կամ դրվագներ: Այս բեկորները այնուհետև միացվում են ընդհանուր ադապտերներին և կցվում են սլայդի վրա: PCR-ն արվում է յուրաքանչյուր բեկորն ուժեղացնելու համար: Սա ստեղծում է մի կետ նույն հատվածի բազմաթիվ պատճեններով: Հետագայում դրանք բաժանվում են միաշղթայի և ենթարկվում հաջորդականության։ Հերթականացման սլայդը պարունակում է ֆլյուորեսցենտով պիտակավորված նուկլեոտիդներ, ԴՆԹ պոլիմերազ և վերջավորիչ: Տերմինատորի պատճառով միաժամանակ ավելացվում է միայն մեկ բազա: Յուրաքանչյուր ցիկլի տերմինատոր հեռացվում է, և դա թույլ է տալիս հաջորդ բազան ավելացնել կայքին: Ավելին, լյումինեսցենտային ազդանշանների հիման վրա համակարգիչը հայտնաբերում է յուրաքանչյուր ցիկլում ավելացված բազան:Illumina հաջորդականության տեխնոլոգիան կառուցում է հաջորդականությունը 4-ից 56 ժամվա ընթացքում:
Որո՞նք են նմանությունները Nanopore-ի և Illumina-ի հաջորդականության միջև:
- Nanopore և illumina sequencing-ը հաջորդականության երկու տեխնիկա են:
- Երկուսն էլ հաջորդականության արագ և նոր մեթոդներ են:
- Դրանք օգտագործվում են ԴՆԹ-ի և ՌՆԹ-ի հաջորդականությունները հայտնաբերելու համար:
- Երկուսն էլ ունեն բարձր ճշգրտություն։
Ո՞րն է տարբերությունը Nanopore-ի և Illumina-ի հաջորդականության միջև:
Nanopore sequencing-ը երրորդ սերնդի հաջորդականության տեխնիկան է, որն օգտագործում է նանոպոր՝ ԴՆԹ-ի մոլեկուլների հաջորդականությունը հայտնաբերելու համար: Ի հակադրություն, illumina sequencing-ը երկրորդ սերնդի հաջորդականացման տեխնիկա է, որն օգտագործում է ներկերի հետադարձելի տերմինատորների տեխնոլոգիա՝ ԴՆԹ-ի մոլեկուլների հաջորդականությունը հայտնաբերելու համար: o, սա է հիմնական տարբերությունը նանոփորերի և լուսավորության հաջորդականության միջև: Ավելին, nanopore sequencing-ն ունի 92-97% ճշգրտություն, մինչդեռ illumina sequencing-ն ունի 99% ճշգրտություն:
Հետևյալ ինֆոգրաֆիկան ցույց է տալիս աղյուսակային ձևով նանոփորերի և լուսավորության հաջորդականության տարբերությունները:
Ամփոփում – Nanopore vs Illumina Sequencing
Բարձր թողունակության հաջորդականության տեխնիկան ներառում է երկրորդ սերնդի (կարճ ընթերցում) և երրորդ սերնդի (երկար ընթերցված) հաջորդականության մեթոդները: Nanopore և illumina sequencing-ը ԴՆԹ-ի երկու նոր տեխնոլոգիաներ են, որոնք պատկանում են երրորդ սերնդի և երկրորդ սերնդի (հաջորդ սերնդի) ԴՆԹ-ի հաջորդականացման կատեգորիաներին: Nanopore sequencing-ը օգտագործում է նանոպոր՝ ԴՆԹ-ի մոլեկուլների հաջորդականությունը հայտնաբերելու համար: Մյուս կողմից, illumina sequencing-ը օգտագործում է ներկերի հետադարձելի տերմինատորների տեխնոլոգիա՝ ԴՆԹ-ի մոլեկուլների հաջորդականությունը հայտնաբերելու համար: Այսպիսով, սա նանոփորերի և լուսավորության հաջորդականության միջև եղած տարբերության ամփոփումն է:
