Հիմնական տարբերություն – SYBR Green vs Taqman
SYBR Green-ը և Taqman-ը երկու մեթոդներ են, որոնք օգտագործվում են իրական ժամանակում PCR-ի ուժեղացման գործընթացը հայտնաբերելու կամ դիտելու համար: SYBR Green-ը մեթոդ է, որը հիմնված է միջանկյալ նուկլեինաթթվի ներկման ներկի վրա, մինչդեռ Taqman-ը հիդրոլիզի զոնդի վրա հիմնված մեթոդ է: Երկու տեխնոլոգիաներն էլ նախագծված են PCR-ի ընթացքում ֆլուորեսցենտ ստեղծելու համար, ինչը թույլ է տալիս իրական ժամանակում PCR մեքենային վերահսկել ռեակցիան «իրական ժամանակում»: SYBR Green մեթոդն իրականացվում է SYBR green կոչվող լյումինեսցենտ ներկի միջոցով և հայտնաբերում է ուժեղացումը՝ կապելով ներկը արտադրված երկշղթա ԴՆԹ-ին: Taqman-ն իրականացվում է երկակի պիտակավորված զոնդերի միջոցով և հայտնաբերում է ուժեղացումը Taq պոլիմերազի կողմից զոնդի քայքայման և ֆտորոֆորի արտազատման միջոցով:Սա SYBR Green-ի և Taqman-ի հիմնական տարբերությունն է:
Ի՞նչ է SYBR Green-ը:
SYBR Green-ը լյումինեսցենտային ներկ է, որն օգտագործվում է նուկլեինաթթուները, հատկապես երկշղթա ԴՆԹ-ն ներկելու համար մոլեկուլային կենսաբանության մեջ: SYBR Green մեթոդն օգտագործվում է իրական ժամանակի ՊՇՌ-ի ընթացքում PCR արտադրանքի քանակականացման համար: Երբ այն կապվում է ԴՆԹ-ի հետ, ստացված ԴՆԹ-ներկի համալիրը կլանում է կապույտ լույսը և արձակում է ինտենսիվ կանաչ լույս: Դա տեղի է ունենում կառուցվածքային փոփոխության շնորհիվ, որը տեղի է ունենում ներկի մոլեկուլում՝ երկշղթա ԴՆԹ-ի հետ կապվելիս: Երբ PCR-ն ավելի ու ավելի շատ ԴՆԹ է ստեղծում, ավելի շատ ներկի մոլեկուլներ կապվում են ԴՆԹ-ի հետ՝ առաջացնելով ավելի շատ ֆլյուորեսցենտ: Հետևաբար, լյումինեսցենտությունը մեծանում է PCR արտադրանքի կուտակման հետ: Հետևաբար, PCR արտադրանքի քանակը կարող է քանակապես չափվել SYBR Green ֆլուորեսցենտային հայտնաբերման միջոցով:
SYBR կանաչ ներկը կարող է օգտագործվել նաև ԴՆԹ-ի պիտակավորման համար ցիտոմետրիայում և լյումինեսցենտային մանրադիտակում: Էթիդիումի բրոմիդը հաջողությամբ փոխարինվել է SYBR Green-ով, քանի որ էթիդիում բրոմիդը քաղցկեղածին ներկ է, որն ունի գելային էլեկտրոֆորեզում ԴՆԹ-ի վիզուալիզացիայի ժամանակ հեռացման հետ կապված խնդիրներ:
Կան SYBR կանաչ մեթոդի առավելություններն ու թերությունները: Այս մեթոդը շատ զգայուն է, էժան և հեշտ օգտագործման համար: Այնուամենայնիվ, ցանկացած երկշղթա ԴՆԹ-ի հետ կապվելու ունակության պատճառով ոչ սպեցիֆիկ կապը կարող է հանգեցնել PCR արտադրանքի չափից ավելի քանակականացման:
Նկար 01. SYBR Կանաչ Տեխնիկա
Ի՞նչ է Թաքմանը։
Taqman-ը SYBR Green-ի այլընտրանքային մեթոդ է՝ իրական ժամանակում PCR գործընթացը վերահսկելու համար: Այս մեթոդը կախված է Taq պոլիմերազային ֆերմենտի 5'-3' էկզոնուկլեազային ակտիվությունից՝ նոր շղթայի երկարացման և ֆտորոֆորի ազատման ժամանակ զոնդերը քայքայելու համար: Այս մեթոդում օգտագործվում են երկակի պիտակավորված զոնդեր, որոնք հիմնված են զոնդերի հիդրոլիզի վրա: Զոնդերը լյումինեսցենտով պիտակավորված ԴՆԹ օլիգոնուկլեոտիդներ են, որոնք ունեն լյումինեսցենտ ռեպորտաժի մոլեկուլ (ֆտորոֆոր) 5' ծայրում և մարող մոլեկուլ 3' ծայրում:Նրանք նախագծված են կապելու համար այբբենարանի կաղապարների հակառակ կողմում գտնվող մեկ շղթայված կաղապարին: Taq պոլիմերազը ավելացնում է նուկլեոտիդներ այբբենարանին և երկարացնում նոր շարանը դեպի երկակի պիտակավորված զոնդերը: Երբ Taq պոլիմերազը հանդիպում է զոնդին, Taq պոլիմերազի էկզոնուկլեազային գործողությունը ակտիվացնում և քայքայում է զոնդը: Երբ այն ավարտում է նոր շղթայի սինթեզը, զոնդը ենթարկվում է ամբողջական քայքայման և ազատում է ֆտորոֆորը: Ֆտորոֆորի արտազատումը ֆլյուորեսցենտ է առաջացնում: Լյումինեսցենտային Quencher մոլեկուլը արդյունավետորեն մարում է արտանետվող լույսը և ստեղծում PCR արտադրանքի քանակականացման արդյունք: Ֆտորոֆորների արտազատումը և ՊՇՌ արտադրանքի քանակը համաչափ են: Հետևաբար, քանակականացումը կարելի է հեշտությամբ կատարել Taqman մեթոդով:
Նկար 02. Taqman մեթոդ
Taqman մեթոդն օգտագործվում է իրական ժամանակի PCR-ում, գեների էքսպրեսիայի քանակականացում, գենետիկ պոլիմորֆիզմների հայտնաբերում, քրոմոսոմային ԴՆԹ-ի ջնջումների քանակականացում, բակտերիաների նույնականացում, միկրոզանգվածի վերլուծության ստուգում, SNP գենոտիպավորում և այլն:
Ո՞րն է տարբերությունը SYBR կանաչի և Taqman-ի միջև:
SYBR Green vs Taqman |
|
| SYBR Green-ը հիմնված է ԴՆԹ կապող ներկի վրա: | Taqman-ը կախված է հիբրիդացման զոնդերից և Taq պոլիմերազի 5'-ից 3' էկզոնուկլեազային ակտիվությունից: |
| Լյումինեսցենտային պիտակավորված զոնդեր | |
| Լյումինեսցենտով պիտակավորված զոնդեր չեն պահանջվում: | Պահանջվում են կրկնակի պիտակավորված զոնդեր: |
| Մուլտիպլեքս գեների անալիզ | |
| Այն չի կարող օգտագործվել մուլտիպլեքս գենային թիրախների համար: | Այն կարող է օգտագործվել մուլտիպլեքսային գենային թիրախների համար: |
| Արժեքը | |
| Սա ավելի քիչ թանկ է: | Սա ավելի թանկ է։ |
| Հատուկություն | |
| Սա ավելի քիչ կոնկրետ է և կապվում է ցանկացած երկշղթա ԴՆԹ | Սրանք խիստ սպեցիֆիկ են, քանի որ զոնդերը հայտնաբերում են հատուկ ուժեղացման արտադրանքները: |
| Արդյունավետություն | |
| Սա ավելի քիչ արդյունավետ է։ | Սա շատ արդյունավետ է: |
| Դիմում | |
| Սա օգտագործվում է իրական ժամանակի ՊՇՌ-ի, ագարոզայի գելի վիզուալիզացիայի, ԴՆԹ-ի պիտակավորման և այլնի համար: | Սա օգտագործվում է իրական ժամանակի PCR-ում, գեների էքսպրեսիայի քանակականացման, գենետիկ պոլիմորֆիզմների հայտնաբերման և այլն: |
Ամփոփում – SYBR Green and Taqman
Taqman-ը և SYBR green-ը երկու մեթոդներ են, որոնք օգտագործվում են իրական ժամանակի PCR-ում (քանակական PCR): Երկու մեթոդներն էլ հնարավորություն են տալիս արդյունավետորեն գնահատել PCR արտադրանքը և հիմնված են ֆլյուորեսցենցիայի արտանետման վրա: Taqman մեթոդը օգտագործում է կրկնակի պիտակավորված զոնդեր կուտակված ԴՆԹ-ի հայտնաբերման համար, մինչդեռ SYBR Green մեթոդը օգտագործում է լյումինեսցենտ ներկ: Այս երկու մեթոդներն էլ տարբեր կիրառություններ ունեն մոլեկուլային կենսաբանության մեջ։
