ԳԾերի և SINE-ների միջև հիմնական տարբերությունն այն է, որ LINE-ները (երկար միջուկային միջուկային տարրեր) ավելի երկար ոչ LTR ռետրոտրանսպոզոնների տեսակ են, մինչդեռ SINE-ները (կարճ միջուկային միջուկային տարրեր) շատ ավելի կարճ ոչ LTR ռետրոտրանսպոզոնների տեսակ են:
Ոչ LTR ռետրոտրանսպոզոնները չեն պարունակում երկար տերմինալ կրկնողություններ (LTR): Այնուամենայնիվ, դրանք պարունակում են հակադարձ տրանսկրիպտազի, ՌՆԹ կապող սպիտակուցի, նուկլեազի և ռիբոնուկլեազ H տիրույթի գեներ։ Ոչ LTR ռետրոտրանսպոզոններն ունեն կարճ կրկնություններ: Այս կրկնությունները ունեն իրար կողքի հիմքերի շրջված կարգ: Բացի դրանից, ոչ LTR ռետրոտրանսպոզոններն ունեն նաև ուղղակի կրկնություններ, որոնք հայտնաբերվել են LRT տրանսպոզոններում:Ոչ LTR ռետրոտրանսպոզոնները բաժանվում են երկու կատեգորիաների՝ LINEs և SINEs:
Ի՞նչ են տողերը:
ԳԾԵՐ (երկար միջուկային տարրեր) ավելի երկար ոչ LTR ռետրոտրանսպոզոններ են: Տարածված են էուկարիոտների գենոմներում։ Նրանք սովորաբար կազմում են մարդու գենոմի 21,1%-ը։ Յուրաքանչյուր LINE մոտ 7000 բազային զույգ երկարություն ունի: ԳԾԵՐԸ կարող են տառադարձվել mRNA-ի և վերածվել սպիտակուցի, որը կարող է գործել որպես հակադարձ տրանսկրիպտազ ֆերմենտ: Այս հակադարձ տրանսկրիպտազը արտադրում է ՌՆԹ գծերի ԴՆԹ պատճեններ: ԴՆԹ-ի այս պատճենները կարող են ինտեգրվել գենոմի մեջ նոր տեղանքում:
Նկար 01. գծեր և սինուսներ
Մարդու գենոմն ունի միայն մեկ առատ ԳԻԾ, որը կոչվում է LINE-1: LINE-1 տարրը մոտ 6000 բազային զույգ երկարություն ունի: Մարդու գենոմում կա մոտ 100000 հատված LINE-1 տարր:Պատահական մուտացիա կարող է առաջանալ LINEs-ում: Պատահական մուտացիաների պատճառով գծերը կարող են այլասերվել: Դրանք այլևս չեն արտագրվում կամ թարգմանվում։ Ավելին, LINE-ները խմբավորված են հինգ հիմնական խմբերի, ինչպիսիք են L1, RTE, R2, I և jockey: Այս հինգ խմբերը հետագայում բաժանվում են ևս 28 կլադերների։
ԳԾԵՐԸ սովորաբար տարածվում են մեխանիզմի միջոցով, որը կոչվում է թիրախային նախադրված հակադարձ արտագրման մեխանիզմ (TPRT): ԳԾԵՐԻ տեղադրումն առաջացնում է մարդու հիվանդություններ, ինչպիսիք են հեմոֆիլիան A, քաղցկեղը, մենդելյան խանգարումները և այլն: ԳԾԵՐԻ հիպոմեթիլացումը նաև առաջացնում է քաղցկեղի որոշ տեսակներ:
Ի՞նչ են SINE-ները:
SINE-ները (կարճ միջուկային միջուկային տարրեր) շատ ավելի կարճ ոչ LTR ռետրոտրանսպոզոնների տեսակ են: Նրանք ունեն մոտ 100-ից 700 բազային զույգ երկարություն: SINE-ները նաև ԴՆԹ-ի տարրեր են, որոնք իրենց ուժեղացնում են էուկարիոտների գենոմներում ՌՆԹ միջանկյալների միջոցով: SINE-ները կազմում են կաթնասունների գենոմի մոտ 13%-ը: SINE-ների ներքին շրջանները ծագում են tRNA-ից: Այն մնում է խիստ պահպանված։Նրանք հաճախ առկա են ողնաշարավորների և անողնաշարավորների բազմաթիվ տեսակների մեջ: Պատճենների թվի տատանումները և SINE-ների մուտացիաները կարող են ներառվել տեսակների ֆիլոգենիայի վրա հիմնված դասակարգումը կառուցելու համար:
SINE-ները կարելի է խմբավորել երեք հիմնական տեսակի՝ CORE-SINEs, V-SINEs և AmnSINEs: Alu տարրը պրիմատների մեջ ամենատարածված SINE-ն է: Ավելին, կան ավելի քան 50 մարդու հիվանդություններ, որոնք կապված են SINE-ների ներդրման հետ: Երբ դրանք տեղադրվում են էկզոնների ներսում կամ մոտ, դրանք կարող են առաջացնել սխալ միացում կամ փոխել ընթերցման շրջանակը: Սա հանգեցնում է հիվանդության այնպիսի ֆենոտիպերի, ինչպիսիք են կրծքագեղձի քաղցկեղը, հաստ աղիքի քաղցկեղը, լեյկեմիան, հեմոֆիլիան, կիստոզային ֆիբրոզը, հաստ աղիքի քաղցկեղը, դենտի հիվանդությունը, նեյրոֆիբրոմատոզը և այլն:
Որո՞նք են նմանությունները գծերի և SINE-ների միջև:
- LINE-ները և SINE-ը երկու տեսակի ոչ LTR ռետրոտրանսպոզոններ են:
- Երկուսն էլ չունեն երկար տերմինալային շրջաններ (LTR):
- Երկուսն էլ հիմնականում հանդիպում են միայն էուկարիոտներում:
- Նրանք երկուսն էլ ոչ ինքնավար են:
Ո՞րն է տարբերությունը գծերի և SINE-ների միջև:
գծերը ավելի երկար ոչ LTR ռետրոտրանսպոզոններ են, մինչդեռ SINE-ները շատ ավելի կարճ ոչ LTR ռետրոտրանսպոզոններ են: Այսպիսով, սա հիմնական տարբերությունն է LINEs-ի և SINE-ի միջև: Ավելին, LINES-ը կոդավորում է հակադարձ տրանսկրիպտազ ֆերմենտի համար, մինչդեռ SINE-ը չի կոդավորում հակադարձ տրանսկրիպտազի ֆերմենտի համար: Այսպիսով, սա ևս մեկ տարբերություն է LINE-երի և SINE-ների միջև:
ԳԾերի և SINE-ների միջև ավելի շատ տարբերություններ ներկայացված են ստորև՝ աղյուսակային տեսքով՝ կողք կողքի համեմատելու համար:
Ամփոփում – LINEs vs SINEs
Ռետրոտրանսպոզոնները հիմնականում հանդիպում են բոլոր էուկարիոտներում, բայց բացակայում են պրոկարիոտներում: Մոտավորապես, մարդու գենոմի 37%-ը պարունակում է ռետրոտրանսպոզոններ։ Ռետրոտրանսպոզոնները հիմնականում երկու տեսակի են՝ LTR և Non-LTR ռետրոտրանսպոզոններ։ Ոչ LTR ռետրոտրանսպոզոնները չեն պարունակում երկար տերմինալ կրկնողություններ (LTR), որոնք առկա են LTR ռետրոտրանսպոզոններում:Ոչ LTR ռետրոտրանսպոզոնները հետագայում բաժանվում են երկու կատեգորիայի՝ LINEs և SINEs: ԳԾԵՐն ավելի երկար ոչ LTR ռետրոտրանսպոզոններ են, մինչդեռ SINE-ները շատ ավելի կարճ ոչ LTR ռետրոտրանսպոզոններ են: Այսպիսով, սա տողերի և SINE-ների միջև եղած տարբերության ամփոփումն է։
