Պատահական այբբենարանների և օլիգո dT-ի հիմնական տարբերությունն այն է, որ պատահական այբբենարանը բոլոր հնարավոր հեքսամեր օլիգոնուկլեոտիդային հաջորդականությունների խառնուրդն է, մինչդեռ օլիգո dT այբբենարանը բաղկացած է 12-18 դեզօքսիթիմիդինների միաշղթա ձգվածությունից:
Հակադարձ տրանսկրիպցիան մեխանիզմ է, որով cDNA-ն կարող է սինթեզվել mRNA-ի կամ ՌՆԹ-ի ցանկացած տեսակի միջոցով: cDNA արտադրելու համար պետք է տրամադրվեն հակադարձ տրանսկրիպտազի ֆերմենտը և այլ անհրաժեշտ բաղադրիչները, հատկապես կաղապարը և պրայմերները: Պրայմերները ԴՆԹ-ի կարճ հաջորդականություններ են, որոնք հատուկ նախագծված են թիրախային հաջորդականությունների ուժեղացման համար: Պատահական այբբենարանները և օլիգո dT պրայմերները հակադարձ տառադարձման մեջ օգտագործվող այբբենարանների երկու սովորական տեսակներ են:Հետևաբար, պատահական այբբենարանը կամ օլիգո dT այբբենարանը կարճ ԴՆԹ օլիգոնուկլեոտիդային հաջորդականություններ են, որոնք անհրաժեշտ են հակադարձ տրանսկրիպտազի համար՝ հակադարձ տրանսկրիպցիան սկսելու համար: Կախված ՌՆԹ ձևանմուշից՝ համապատասխան այբբենարան կարող է ընտրվել այս երկու այբբենարանի տեսակներից:
Ի՞նչ են պատահական այբբենարանները:
Պատահական այբբենարան օլիգոնուկլեոտիդների խառնուրդ է, որը ներկայացնում է բոլոր հնարավոր հեքսամերների հաջորդականությունները: Պատահական այբբենարանի այբբենարանների հաջորդականությունը 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T կամ C է: Հետևաբար, պատահական պրայմերները կարող են օգտագործվել ԴՆԹ պոլիմերազի կամ հակադարձ տրանսկրիպտազի միջոցով միաշղթա ԴՆԹ-ի կամ ՌՆԹ-ի ուժեղացման համար, համապատասխանաբար. Բացի այդ, պատահական այբբենարանի խառնուրդն ի վիճակի է ուժեղացնել ՌՆԹ-ի բոլոր շրջանները՝ cDNA առաջացնելու համար: Այսպիսով, այն արտադրում է cDNA տարբեր երկարություններ:
Նկար 01. Պատահական այբբենարաններ
Ամենակարևորը, պատահական այբբենարանի խառնուրդը չի ցույց տալիս կաղապարի առանձնահատկությունը: Այն ի վիճակի չէ տարբերակել mRNA և այլ ՌՆԹ տեսակներ: Եվ այն կռվում է նմուշի ՌՆԹ-ի ցանկացած տեսակի հետ: Այնուամենայնիվ, պատահական այբբենարանի խառնուրդը հարմար է ՌՆԹ-ների հակադարձ տառադարձման համար՝ առանց պոլի(A) պոչերի, ինչպիսիք են rRNA, tRNA, չկոդավորող ՌՆԹ, փոքր ՌՆԹ, պրոկարիոտիկ mRNA և այլն, քայքայված ՌՆԹ և ՌՆԹ հայտնի երկրորդական կառուցվածքներով:
Ի՞նչ է Oligo dT?
Oligo dT այբբենարանը 12 – 18 դեզօքսիթիմին (dT) կազմվածք է: Պրայմերների հաջորդականությունը կարող է ներկայացվել որպես 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3: Այն օգտագործվում է պոլի(Ա) պոչ պարունակող mRNA-ից cDNA-ի արտադրության համար։ Հիմնականում այն հանդես է գալիս որպես հակադարձ տրանսկրիպտազով կատալիզացված ռեակցիայի այբբենարան: Հակադարձ տրանսկրիպցիայի ընթացքում օլիգո dT այբբենարանը կռվում է էուկարիոտիկ mRNA-ների մեծ մասի 3' ծայրում հայտնաբերված պոլիադենիլացված պոչով և սկսում գործընթացը:
Նկար 02. Հակադարձ տառադարձում՝ օգտագործելով Oligo dT Primer
Ի տարբերություն պատահական այբբենարանի, օլիգո dT այբբենարանը հարմար չէ քայքայված ՌՆԹ-ի կամ ՌՆԹ-ի համար, որոնք չունեն պոլի(A) պոչեր, ներառյալ պրոկարիոտիկ ՌՆԹ-ն և միկրոՌՆԹ-ն:
Որո՞նք են նմանությունները պատահական այբբենարանների և օլիգո dT-ի միջև:
- Պատահական այբբենարան և օլիգո dT այբբենարան երկու տեսակի այբբենարան են, որոնք օգտագործվում են հակադարձ տառադարձման և cDNA-ի պատրաստման համար:
- Պատահական այբբենարանի և օլիգո dT այբբենարանի օգտագործումը մեծացնում է cDNA սինթեզի զգայունությունը:
- Դրանք միաշղթա կարճ նուկլեոտիդային հաջորդականություններ են։
Ո՞րն է տարբերությունը պատահական այբբենարանների և օլիգո dT-ի միջև:
Պատահական այբբենարանը կարճ օլիգոնուկլեոտիդային հաջորդականություն է, որը կազմված է պատահական հաջորդականությունից:Մինչդեռ, oligo dT այբբենարանը կարճ շղթա է, որը բաղկացած է 12-ից 18 դեզօքսիթիմիդիններից: Այսպիսով, սա պատահական այբբենարանների և օլիգո dT-ի հիմնական տարբերությունն է: Պատահական այբբենարանի հաջորդականությունը 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T կամ C է: Մինչդեռ օլիգո dT այբբենարանի հաջորդականությունը 5´-d է (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3´:. Հետևաբար, մենք կարող ենք սա համարել որպես պատահական պրայմերների և օլիգո dT-ի ևս մեկ տարբերություն:
Ավելին, պատահական այբբենարանները ցույց չեն տալիս կաղապարի յուրահատկությունը, և դրանք կռվում են ՌՆԹ-ի ցանկացած տեսակի հետ, մինչդեռ օլիգո dT պրայմերները հատուկ են էուկարիոտիկ mRNA-ի պոլի(A) պոչերի համար:
Ստորև բերված ինֆոգրաֆիկան ամփոփում է պատահական պրայմերների և օլիգո dT-ի միջև եղած տարբերությունը:
Ամփոփում – Պատահական այբբենարաններ ընդդեմ օլիգո dT
Պատահական այբբենարան և օլիգո dT այբբենարան երկու տեսակի պրայմեր են, որոնք օգտագործվում են cDNA սինթեզում:Պատահական այբբենարանը բաղկացած է օլիգոնուկլեոտիդների խառնուրդից, որոնք ներկայացնում են բոլոր հնարավոր հեքսամերների հաջորդականությունը, մինչդեռ օլիգո dT այբբենարանը 12-ից 18 դեզօքսիթիմիդիններից բաղկացած միաշղթա հաջորդականություն է: Այսպիսով, սա պատահական այբբենարանների և օլիգո dT-ի հիմնական տարբերությունն է: Բացի այդ, օլիգո dT պրայմերները օգտակար են պոլի(A) պոչով ՌՆԹ-ի ամբողջ երկարությամբ հակադարձ տրանսկրիպցիայի համար, մինչդեռ պատահական պրայմերները օգտակար են ՌՆԹ-ի տեսակների մեծ մասի հակադարձ տառադարձման համար, ներառյալ քայքայված ՌՆԹ-ն, ՌՆԹ-ն, որոնք չունեն պոլի(A) պոչեր և ՌՆԹ պարունակող: երկրորդական կառույցներ. Հետևաբար, պատահական այբբենարանը չի ցույց տալիս կաղապարի առանձնահատկությունը, մինչդեռ օլիգո dT այբբենարանը հատուկ է էուկարիոտիկ mRNA պարունակող պոլի(A) պոչը:
