BLAST-ի և FastA-ի հիմնական տարբերությունն այն է, որ BLAST-ը հավասարեցման հիմնական գործիք է, որը հասանելի է Կենսատեխնոլոգիայի տեղեկատվական ազգային կենտրոնի կայքում, մինչդեռ FastA-ն նմանության որոնման գործիք է, որը հասանելի է Եվրոպական բիոինֆորմատիկայի ինստիտուտի կայքում:
BLAST-ը և FastA-ն երկու ծրագրեր են, որոնք լայնորեն օգտագործվում են տարբեր տեսակների ԴՆԹ-ի, ամինաթթուների, սպիտակուցների և նուկլեոտիդների կենսաբանական հաջորդականությունները համեմատելու և դրանց նմանությունները փնտրելու համար: Այս ալգորիթմները գրվել են՝ հաշվի առնելով արագությունը: Որովհետև, երբ 1980-ականների կեսերին գիտնականները կարողացան լաբորատորիայում մեկուսացնել ԴՆԹ-ն, դա առաջացրեց մեծ արագությամբ հետագա հետազոտության համար նույնական գեներ համեմատելու և գտնելու անհրաժեշտությունը:Հետևաբար, այս երկու ծրագրերը մշակվել են այնպես, որ օգտագործողը կարող է արագ որոնել նմանատիպ հաջորդականությունները՝ իրենց հարցումների հաջորդականությամբ:
BLAST-ը Basic Local Alignment Search Tool-ի հապավումն է և օգտագործում է տեղայնացված մոտեցումը երկու հաջորդականությունները համեմատելու համար: FastA-ն ծրագրաշար է, որը վերաբերում է Fast A-ին, որտեղ A-ն նշանակում է բոլորը: Այստեղ ծրագրաշարն աշխատում է այբուբենների հետ, ինչպիսիք են Fast A-ն՝ ԴՆԹ-ի հաջորդականության համար և Fast P-ը՝ սպիտակուցի համար: Ե՛վ BLAST-ը, և՛ FastA-ն շատ արագ են համեմատում ցանկացած գենոմային տվյալների բազա և, հետևաբար, շատ կենսունակ են ինչպես դրամական, այնպես էլ ժամանակի խնայողության առումով:
Ինչ է BLAST?
BLAST-ը ամենաշատ օգտագործվող կենսաինֆորմատիկայի ծրագրաշարերից մեկն է, որը մշակվել է 1990 թվականին: Այդ ժամանակից ի վեր այն հասանելի է բոլորին NCBI-ի կայքում: Ավելին, ցանկացած անձ կարող է մուտք գործել այս ծրագրաշարը և օգտագործել այն: Ավելին, BLAST-ը ծրագրաշար է, որը FastA ձևաչափով մուտքային տվյալների կամ հաջորդականությունների կարիք ունի: Բայց, այն տալիս է ելքային տվյալներ պարզ տեքստով, HTML կամ XML ձևաչափով: BLAST-ն աշխատում է երկու հաջորդականությունների միջև տեղայնացված նմանությունների որոնման սկզբունքով և կարճ ցուցակագրում է նմանատիպ հաջորդականությունները, իսկ դրանից հետո փնտրում է հարևանության նմանություններ:
Նկար 01. BLAST արդյունքներ
Այսպիսով, այս ծրագրաշարը որոնում է մեծ թվով նմանատիպ տեղական շրջաններ և տալիս է շեմային արժեքի հասնելու արդյունքը: Այնուամենայնիվ, այս գործընթացը տարբերվում է նախկին ծրագրաշարից, որը նախ որոնում է ամբողջ հաջորդականությունը, այնուհետև կատարում է համեմատությունը, և, հետևաբար, շատ ժամանակ է պահանջում:
Բացի վերը նշված նմանության ստուգումից, BLAST-ն ունի բազմաթիվ այլ կիրառություններ, ինչպիսիք են ԴՆԹ-ի քարտեզագրումը, տարբեր տեսակների երկու նույնական գեների համեմատումը, ֆիլոգենետիկ ծառի ստեղծումը և այլն:
Ի՞նչ է FastA?
FastA-ն սպիտակուցային հաջորդականության հավասարեցման ծրագիր է: Դեյվիդ Ջ. Լիփմանը և Ուիլյամ Ռ. Փիրսոնը նկարագրել են այս ծրագրաշարը 1985 թվականին: Թեև այս ծրագրաշարի սկզբնական օգտագործումը միայն սպիտակուցների հաջորդականությունների համեմատությունն էր, դրա փոփոխված տարբերակը կարող էր նաև համեմատել ԴՆԹ-ի հաջորդականությունները:Այստեղ այս ծրագրաշարը օգտագործում է երկու հաջորդականությունների միջև նմանությունը վիճակագրականորեն գտնելու սկզբունքը: Այն համընկնում է ԴՆԹ-ի կամ սպիտակուցի մեկ հաջորդականության հետ մեկ այլ հաջորդականության հետ՝ տեղական հաջորդականության հավասարեցման մեթոդով:
Նկար 02. FastA
Այնուամենայնիվ, այն որոնում է տեղական շրջաններ նմանության համար, բայց ոչ լավագույն համընկնում երկու հաջորդականությունների միջև: Քանի որ այս ծրագրաշարը երբեմն համեմատում է տեղայնացված նմանությունները, այն կարող է նաև անհամապատասխանություններ ունենալ: Հերթականության մեջ FastA-ն վերցնում է մի փոքր հատված, որը հայտնի է որպես k-tuples, որտեղ բազմակները կարող են լինել 1-ից մինչև 6-ը և համընկնում են մյուս հաջորդականության k-tuples-ի հետ: Համապատասխանեցման գործընթացի վերջում, երբ այն հասնում է շեմային արժեքին, այն տալիս է արդյունքը:
Որո՞նք են նմանությունները BLAST-ի և FastA-ի միջև:
- BLAST-ը և FastA-ն կենսաինֆորմատիկական գործիքներ են, որոնք օգտագործվում են սպիտակուցների և ԴՆԹ-ի հաջորդականությունները համեմատելու համար:
- Նաև, երկու ծրագրերն էլ օգտագործում են միավորների ռազմավարություն՝ հաջորդականությունների միջև համեմատություններ անելու համար:
- Ավելին, երկու գործիքներն էլ տալիս են բարձր ճշգրիտ արդյունքներ:
Ո՞րն է տարբերությունը BLAST-ի և FastA-ի միջև:
BLAST-ը կենսաբանական հաջորդականությունների նմանությունը ստուգելու գործիք է: Մյուս կողմից, FastA-ն ևս մեկ ծրագիր է, որը հեշտացնում է սպիտակուցի և ԴՆԹ-ի հաջորդականությունների նմանության ստուգումը: Այնուամենայնիվ, FastA-ի համեմատությամբ, BLAST ծրագիրը շատ տարածված է, քանի որ այն ավելի ճշգրիտ և արագ արդյունքներ է տալիս: Հետևաբար, սա է տարբերությունը BLAST-ի և FastA-ի միջև: Ավելին, ի տարբերություն FastA-ի, BLAST ծրագիրը փոփոխելի է ըստ օգտագործողի կարիքների: Հետևաբար, սա ևս մեկ տարբերություն է BLAST-ի և FastA-ի միջև:
Ստորև բերված ինֆոգրաֆիկան BLAST-ի և FastA-ի տարբերության վերաբերյալ ավելի շատ մանրամասներ է տալիս:
Ամփոփում – BLAST vs FastA
BLAST-ը և FastA-ն երկու ծրագրեր են, որոնք թույլ են տալիս օգտվողին համեմատել իր հարցումների հաջորդականությունը գոյություն ունեցող տվյալների բազաների հաջորդականությունների հետ և ստուգել նմանությունները: FastA-ի սկզբնական նպատակն էր համեմատել միայն սպիտակուցների հաջորդականությունը: Սակայն այս ծրագրաշարի փոփոխված տարբերակը հեշտացնում է ինչպես սպիտակուցների, այնպես էլ ԴՆԹ-ի հաջորդականության համեմատությունները: Չնայած FastA-ն լավ ծրագրակազմ է, մարդկանց մեծամասնությունը օգտագործում է BLAST հավասարեցման գործիք, քանի որ այն ավելի տարածված է և ավելի ճշգրիտ և արագ արդյունքներ է տալիս, քան FastA-ն: Բացի այդ, BLAST գործիքը փոփոխելի է ըստ օգտագործողի պահանջների: Հակիրճ, սա ամփոփում է BLAST-ի և FastA-ի միջև եղած տարբերությունը:
