Տարբերությունը PCR պրայմերների և հաջորդականության պրայմերների միջև

2024 Հեղինակ: Alex Aldridge | [email protected]. Վերջին փոփոխված: 2023-12-17 13:41

Հիմնական տարբերություն – PCR պրայմերներ ընդդեմ հաջորդականության այբբենարաններ

Մոլեկուլային կենսաբանության ոլորտում վերջին զարգացումների հետ մեկտեղ ստեղծվեցին տարբեր գենետիկական մեթոդներ, որոնք հեշտ և ճշգրիտ դարձրեցին առարկայի տարբեր ուղիների հետաքննության գործընթացները: ՊՇՌ-ն և հաջորդականության այլ ընթացակարգերը նման երկու կարևոր տեխնիկա են: Նրանք օգտագործում են տարբեր ենթաբաղադրիչներ: Պրայմերները համարվում են հիմնական ենթաբաղադրիչները, որոնք ընդհանուր են ինչպես PCR-ի, այնպես էլ հաջորդականության տեխնիկայի համար: PCR պրայմերները օգտագործվում են որոշակի ԴՆԹ-ի հաջորդականության ուժեղացման համար, մինչդեռ հաջորդականացման պրայմերներն օգտագործվում են ԴՆԹ-ի հատվածի հաջորդականության համատեքստում՝ նուկլեոտիդային հաջորդականության հատուկ կարգը բացահայտելու նպատակով:Սա է հիմնական տարբերությունը PCR պրայմերների և հաջորդականացման պրայմերների միջև:

Ինչ են PCR պրայմերները:

Պոլիմերազային շղթայական ռեակցիան (PCR) գենետիկական տեխնիկա է, որն օգտագործվում է մոլեկուլային կենսաբանության ոլորտում՝ ԴՆԹ-ի որոշակի հատվածի մեկ կամ մի քանի օրինակ ընդլայնելու և բազմաթիվ միլիոնավոր նույնական կրկնօրինակներ ստանալու համար: PCR ռեակցիայի ժամանակ օգտագործվում են տարբեր բաղադրիչներ, ներառյալ պրայմերները: Պրայմերները ԴՆԹ-ի կարճ շղթաներ են՝ 18-25 նուկլեոտիդների երկարությամբ, ինչը դրանք համատեղելի է ընդլայնվող ԴՆԹ-ի բեկորների սկզբի և վերջի շրջանի հետ: Պրայմերները կարող են լինել առաջնային և հակադարձ այբբենարան: Այս այբբենարանները կապվում են ԴՆԹ-ի հատվածին այն հատուկ կետերում, որտեղ այն ստիպում է ԴՆԹ պոլիմերազին միանալ հատուկ այբբենարանին և սկսում է ԴՆԹ-ի նոր շղթայի սինթեզը:

Պայմերների ընտրությունը PCR գործընթացի կարևոր կողմն է: Կարևոր է այբբենարանի երկարության ընտրությունը։ Իդեալական երկարությունը կլինի 18-25 նուկլեոտիդ:Եթե երկարությունը չափազանց կարճ է կամ չափազանց երկար, ապա պրայմերները չեն կապվի ԴՆԹ-ի հաջորդականության հետ, որպեսզի ճշգրիտ ուժեղացվեն: Չափազանց կարճ երկարությամբ այբբենարանները հանգեցնում են ԴՆԹ-ի հաջորդականության տարբեր վայրերում ոչ սպեցիֆիկ այբբենարանի կռման:

Նկար 01. PCR պրայմերներ

Գուանինի և ցիտոզինի (GC) պարունակությունը լավ պրայմերում պետք է լինի 40-60 միջակայքում: Պրայմերների եռացման ջերմաստիճանը և հալման ջերմաստիճանը կենսական գործոններ են PCR-ի ժամանակ: Հալման ջերմաստիճանը պետք է ճշգրիտ հաշվարկվի, իսկ այբբենարանի հալման ջերմաստիճանը պետք է լինի 5 ^{0C ցածր հալման ջերմաստիճանից: Հալման ջերմաստիճանը պետք է լինի 60 °C և 75 °C: Շատ բարձր կամ շատ ցածր ջերմաստիճանը կհանգեցնի ԴՆԹ պոլիմերազի ավելի քիչ ակտիվ ակտիվության:}

Ի՞նչ են հաջորդականացման այբբենարանները:

Հերթականացման պրայմերները օգտագործվում են ԴՆԹ-ի հատվածի հաջորդականացման համատեքստում՝ դրա հատուկ ինքնությունը բացահայտելու նպատակով: Լավ հաջորդականության արդյունքներ ստանալու համար կարևոր են բարձրորակ այբբենարաններ և կաղապարներ: Այսպիսով, երբ ընտրվում են այբբենարաններ, դրանք պետք է եզակի լինեն որոշակի տարածաշրջանի համար, որտեղ մենք ցանկանում ենք հաջորդականություն կատարել: Այն նաև պետք է լինի ճիշտ կողմնորոշմամբ, որտեղ հաջորդականությունները սովորաբար առաջանում են այբբենարանների 3'-ից 5' ծայրերից: Հերթականությունը պետք է զուրկ լինի անցանկալի ինքնահիբրիդացումից, ինչպիսին է մազակալի օղակների ձևավորումը: Այն չպետք է պարունակի գուանինային հիմքերի հաջորդական ձևավորում:

Ապրիմերի հալման ջերմաստիճանը (Tm) պետք է համապատասխանի հաջորդականության պայմաններին: Հետևաբար, այն պետք է ընկած լինի 52^oC և 74^{oC-ի միջև: Որպես այբբենարան օգտագործելու համար օլիգոնուկլեոտիդների պատրաստումը պետք է մաքրվի՝ հաջորդականության ցանկալի ամբողջական երկարությունը ստանալու համար: Եթե օլիգոնուկլեոտիդները պարունակում են կեղտեր, ապա այբբենարանի հաջորդականության ազդանշանը կվերածվի տարբեր պրիմինգային տեղամասերից, ինչպես նաև կնվազեցնի բազային բջիջների թիվը:}

Նկար 02. հաջորդականության այբբենարաններ

Օլիգոնուկլեոտիդի այբբենարանի հալման ջերմաստիճանը (Tm) որոշում է, թե որքան ուժեղ են կոմպլեմենտար ԴՆԹ-ի շղթաները միմյանց հետ հիբրիդացված: Tm-ը կարելի է համարել որպես թերմոդինամիկական հաշվարկ, որտեղ այն կախված է ինչպես ԴՆԹ-ի հաջորդականություններից, այնպես էլ մի քանի պայմաններից, ինչպիսիք են աղի կոնցենտրացիան: Tm-ը կարևոր է ՊՇՌ-ի ժամանակ, որտեղ ցիկլային հաջորդականություն կոչվող տարբերակն օգտագործվում է դիօքսինուկլեոտիդով ավարտված բեկորների խումբ ստեղծելու համար: Այստեղ հաջորդականացված այբբենարանը սկզբնապես կմշակվի այլընտրանքային եղանակով, այնուհետև երկարաձգվի և վերջապես դենատորացվի ուժեղացման համար: Հետևաբար, Tm արժեքը պետք է լինի 52^oC և 74^{o C-ի միջև: Սինթեզված օլիգոնուկլեոտիդները կարելի է ձեռք բերել ԴՆԹ/ՌՆԹ սինթեզի լաբորատորիաներից՝ համաձայն ընտրություն. Սինթեզի փոքր մասշտաբը, որն օգտագործվում է ԴՆԹ-ի հաջորդականության համար, սովորաբար կազմում է 50 նմոլ: Նաև ամենակարևորը հաջորդականության համար օգտագործվող պրայմերները պետք է մաքրվեն, որպեսզի զերծ լինեն կեղտից, որը կկանխի որակի անկումը:}

Որո՞նք են նմանությունները PCR պրայմերների և հաջորդականության պրայմերների միջև:

• Եվ PCR Primers-ը և Sequencing Primes-ը պրայմերներ են, որոնք օգտագործվում են թիրախավորված ԴՆԹ-ի հաջորդականության ուժեղացման գործընթացում:
• Եվ PCR այբբենարանները և հաջորդականացման այբբենարանները կազմված են նուկլեոտիդներից:
• Եվ PCR պրայմերները և հաջորդականացման պրայմերները կարճ օլիգոմերներ են:

Ո՞րն է տարբերությունը PCR պրայմերների և հաջորդականության պրայմերների միջև:

PCR Primers vs Sequencing Primers
PCR պրայմերները ԴՆԹ-ի կարճ շղթաներ են՝ 18-25 նուկլեոտիդային հաջորդականության երկարությամբ, ինչը դրանք համատեղելի է ԴՆԹ-ի բեկորների սկզբի և վերջի շրջանի հետ, որոնք պետք է ուժեղացվեն:	Հերթականացման այբբենարանները կարճ օլիգոմերներ են, որոնք օգտագործվում են ԴՆԹ-ի հատվածի հաջորդականացման համատեքստում՝ դրա հատուկ ինքնությունը բացահայտելու նպատակով:
Ֆունկցիա
PCR պրայմերները օգտագործվում են ԴՆԹ-ի որոշակի հաջորդականության ուժեղացման համար:	Հերթականացման այբբենարաններ օգտագործվում են ԴՆԹ-ի հատվածի հաջորդականացման համատեքստում՝ դրա հատուկ ինքնությունը բացահայտելու նպատակով:
Պահանջվող այբբենարաններ
Երկու այբբենարան; մեկ առաջնային և մեկ հակադարձ այբբենարան օգտագործվում են որպես PCR պրայմերներ:	Անհրաժեշտ է միայն մեկ այբբենարան որպես հաջորդական այբբենարան:

Ամփոփում – PCR Primers vs Sequencing Primers

Հերթականացման պրայմերները օգտագործվում են ԴՆԹ-ի հատվածի հաջորդականացման համատեքստում՝ դրա հատուկ ինքնությունը բացահայտելու նպատակով:Մեկ հաջորդական այբբենարան բավական կլինի գործընթացն իրականացնելու համար: Լավ հաջորդականության արդյունքներ ստանալու համար կարևոր են բարձրորակ այբբենարաններ և կաղապարներ: Այսպիսով, երբ ընտրվում են այբբենարաններ, դրանք պետք է եզակի լինեն որոշակի տարածաշրջանի համար, որտեղ մենք ցանկանում ենք հաջորդականություն կատարել: PCR պրայմերները ԴՆԹ-ի կարճ շղթաներ են՝ 18-25 նուկլեոտիդի երկարությամբ, որը համատեղելի է ԴՆԹ-ի բեկորների սկզբի և վերջի շրջանի հետ, որոնք պետք է ուժեղացվեն: PCR պրայմերները կարող են լինել առաջնային և հակադարձ այբբենարան: Գուանինի և ցիտոզինի (GC) պարունակությունը լավ այբբենարանի մեջ պետք է լինի 40-60 միջակայքում: Պրայմերների եռացման ջերմաստիճանը և հալման ջերմաստիճանը ՊՇՌ-ի ընթացքում կենսական նշանակություն ունեն: Սա է տարբերությունը PCR պրայմերների և Sequencing պրայմերների միջև: