Հիմնական տարբերություն – Nick Translation ընդդեմ Primer Extension
Նիքի թարգմանությունը և այբբենարանի երկարացումը երկու կարևոր տեխնիկա են, որոնք իրականացվում են մոլեկուլային կենսաբանության մեջ: Նիքի թարգմանության և այբբենարանի ընդլայնման հիմնական տարբերությունն այն է, որ նիկի թարգմանության գործընթացն արտադրում է պիտակավորված զոնդեր այլ հիբրիդացման տեխնիկայի համար, մինչդեռ այբբենարանի երկարացման մեթոդը նույնացնում է որոշակի ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը խառնուրդից և բացահայտում է տեղեկատվություն mRNA-ի արտահայտման մասին: Երկու տեխնիկան էլ մեծ նշանակություն ունեն և սովորաբար իրականացվում են մոլեկուլային հետազոտական լաբորատորիաներում:
Ի՞նչ է Nick Translation?
Նիքի թարգմանությունը կարևոր տեխնիկա է, որն օգտագործվում է տարբեր մոլեկուլային կենսաբանական տեխնիկայի համար պիտակավորված զոնդերի պատրաստման համար, ինչպիսիք են բլոտավորումը, տեղում հիբրիդացումը, լյումինեսցենտ in situ հիբրիդացումը և այլն:Դա ԴՆԹ-ի պիտակավորման in vitro մեթոդ է: ԴՆԹ-ի զոնդերը օգտագործվում են ԴՆԹ-ի կամ ՌՆԹ-ի հատուկ հաջորդականությունները բացահայտելու համար: Պիտակավորված զոնդի օգնությամբ կարելի է նշել կամ պատկերացնել հատուկ բեկորներ նուկլեինաթթվի բարդ խառնուրդից: Հետևաբար, պիտակավորված զոնդերը պատրաստվում են տարբեր մեթոդների կիրառմամբ, որոնք կօգտագործվեն տարբեր տեխնիկայի համար: Նիկ թարգմանությունը նման մեթոդներից մեկն է, որը արտադրում է պիտակավորված զոնդեր DNase 1 և DNA polymerase 1 ֆերմենտների օգնությամբ:
Նիքի թարգմանության գործընթացը սկսվում է DNase 1 ֆերմենտի ակտիվությամբ: DNase 1-ը կրկնակի շղթաներով ԴՆԹ-ի ֆոսֆատային ողնաշարի մեջ ներծծում է ծակեր՝ նուկլեոտիդների միջև ֆոսֆոդիստերային կապերի ճեղքումով: Հենց որ նիկը ստեղծվի, նուկլեոտիդի ազատ 3' OH խումբ կստեղծվի, և դրա վրա կգործի ԴՆԹ պոլիմերազ 1 ֆերմենտը: ԴՆԹ պոլիմերազ 1-ի 5'-ից 3' էկզոնուկլեազային ակտիվությունը հեռացնում է նուկլեոտիդները անցքից դեպի ԴՆԹ շղթայի 3' ուղղությունը: Միաժամանակ գործում է ԴՆԹ պոլիմերազ 1 ֆերմենտի պոլիմերազային ակտիվությունը և ավելացնում նուկլեոտիդները՝ փոխարինելու հեռացված նուկլեոտիդներին:Եթե նուկլեոտիդները պիտակավորված են, փոխարինումը տեղի կունենա պիտակավորված նուկլեոտիդներով, և դա կնշի ԴՆԹ-ն նույնականացման համար: Այս նոր սինթեզված պիտակավորված ԴՆԹ-ն կարող է օգտագործվել որպես զոնդ մոլեկուլային կենսաբանության հիբրիդացման տարբեր ռեակցիաներում:
Նկար 01. Նիքի թարգմանության գործընթաց
Ի՞նչ է Primer Extension-ը:
Պայմերի ընդլայնումը տեխնիկա է, որն օգտագործվում է ՌՆԹ-ի հատուկ հաջորդականությունը գտնելու ՌՆԹ-ի խառնուրդից և գտնելու mRNA տառադարձության 5' վերջը: Այն նաև օգտագործվում է ՌՆԹ-ի կառուցվածքն ու էքսպրեսիան ուսումնասիրելու համար։ Այբբենարանի երկարացման մեթոդն իրականացվում է պիտակավորված պրայմերներով կամ պիտակավորված նուկլեոտիդներով: Եթե օգտագործվում են պիտակավորված պրայմերներ, դա բացառում է նուկլեոտիդների պիտակավորման անհրաժեշտությունը, որոնք օգտագործվում են cDNA-ի սինթեզի համար:Այս տեխնիկայում կան մի քանի քայլեր. Այն սկսվում է նմուշից ՌՆԹ-ի արդյունահանմամբ: Այնուհետև խառնուրդին ավելացվում է պիտակավորված օլիգոնուկլեոտիդային այբբենարան՝ անհրաժեշտ բաղադրիչների հետ միասին՝ հատուկ ՌՆԹ-ի հաջորդականության cDNA սինթեզելու համար: Primer-ը խառնվում է խառնուրդի լրացուցիչ հաջորդականությամբ: Որպես ձևանմուշ օգտագործելով այբբենարանային եռացված հաջորդականությունը՝ հակադարձ տրանսկրիպտազ ֆերմենտը սինթեզում է ՌՆԹ-ի հաջորդականության կոմպլեմենտար ԴՆԹ-ն (cDNA): Այբբենարանի կռումը և հակադարձ տրանսկրիպցիան տեղի են ունենում միայն այն դեպքում, երբ նմուշում առկա է ՌՆԹ-ի հատուկ հաջորդականությունը: Վերջապես, երբ կատարվում է դենատուրացիոն գելային էլեկտրոֆորեզ, կարելի է որոշել ՌՆԹ-ի հաջորդականության չափը: Նաև հեշտ է գտնել mRNA-ի (տրանսկրիպցիայի մեկնարկի տեղամաս) հաջորդականության +1 հիմքը այբբենարանի երկարացման մեթոդով: Նմուշում առկա mRNA-ի քանակը կարող է քանակականացվել այս մեթոդով, եթե օգտագործվում է ավելցուկային այբբենարան:
Նկար 02. այբբենարանի ընդլայնում
Ո՞րն է տարբերությունը Nick Translation-ի և Primer Extension-ի միջև:
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| Նիքի թարգմանությունը գործընթաց է, որը ստեղծում է պիտակավորված ԴՆԹ-ի զոնդեր տարբեր հիբրիդացման ռեակցիաների համար: | Primer extension-ը տեխնիկա է, որն օգտագործվում է հատուկ ՌՆԹ-ի հայտնաբերման կամ գենի էքսպրեսիան ուսումնասիրելու համար: |
| Օգտագործված ֆերմենտներ | |
| Օգտագործվում են DNase 1 և ԴՆԹ պոլիմերազային ֆերմենտներ: | Օգտագործվում է հակադարձ տրանսկրիպտազ ֆերմենտ։ |
| Կարևորություն | |
| Նիքի թարգմանությունը հեշտացնում է հատուկ ԴՆԹ-ի հաջորդականության նշումը: | Primer ընդլայնումը հնարավորություն է տալիս հայտնաբերել mRNA հաջորդականության հատուկ չափը և նմուշում առկա քանակությունը: |
Ամփոփում – Nick Translation vs Primer Extension
Նիկ թարգմանությունը մեթոդ է, որն օգտագործվում է պիտակավորված զոնդերի սինթեզման համար՝ հիմնված DNase 1 և E coli ԴՆԹ պոլիմերազ 1 ֆերմենտների գործունեության վրա: Սա in vitro մեթոդ է, որն օգտագործվում է լաբորատորիաներում նախքան հիբրիդացման տարբեր մեթոդները: Նիկերի թարգմանության ընթացքում ԴՆԹ պոլիմերազ 1-ի 5'-3' էկզոնուկլեազային ակտիվությունը հեռացնում է նուկլեոտիդները, իսկ ԴՆԹ պոլիմերազ 1-ի պոլիմերազային ակտիվությունը փոխարինում է հեռացված նուկլեոտիդներին պիտակավորված նուկլեոտիդներով, որոնք գտնվում են մականունի հետևում: Այբբենարանի ընդլայնումը մեթոդ է, որն օգտագործվում է խառնուրդից ՌՆԹ-ի հատուկ տառադարձում հայտնաբերելու և հետաքրքրող ՌՆԹ-ի չափն ու քանակությունը որոշելու համար: Սա է տարբերությունը կեղծ թարգմանության և այբբենարանի ընդլայնման միջև:
