Հիմնական տարբերություն – միկրոզանգվածն ընդդեմ ՌՆԹ-ի հաջորդականության
Տրանսկրիպտոմը ներկայացնում է բջջում առկա ՌՆԹ-ի ամբողջ պարունակությունը, ներառյալ mRNA, rRNA, tRNA, քայքայված ՌՆԹ և չքայքայված ՌՆԹ: Տրանսկրիպտոմի պրոֆիլավորումը կարևոր գործընթաց է բջջային պատկերացումները հասկանալու համար: Տրանսկրիպտոմի պրոֆիլավորման մի քանի առաջադեմ մեթոդներ կան: Microarray և RNA sequencing-ը երկու տեսակի տեխնոլոգիաներ են, որոնք մշակվել են տրանսկրիպտոմի վերլուծության համար: Միկրոզանգվածի և ՌՆԹ-ի հաջորդականության հիմնական տարբերությունն այն է, որ միկրոզանգվածը հիմնված է թիրախային cDNA հաջորդականությամբ պիտակավորված զոնդերի հիբրիդացման ներուժի վրա, մինչդեռ ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը հիմնված է cDNA շղթաների ուղղակի հաջորդականության վրա՝ առաջադեմ հաջորդականության տեխնիկայով, ինչպիսին է NGS-ը:Microarray կատարվում է հաջորդականությունների մասին նախնական գիտելիքներով, իսկ ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը կատարվում է առանց հաջորդականությունների մասին նախնական իմացության:
Ի՞նչ է Microarray?
Microarray-ը ամուր, հուսալի և բարձր թողունակության մեթոդ է, որն օգտագործվում է տրանսկրիպտոմի պրոֆիլավորման համար գիտնականների կողմից: Դա տառադարձումների վերլուծության ամենատարածված մոտեցումն է: Դա էժան մեթոդ է, որը կախված է հիբրիդացման զոնդերից:
Տեխնիկան սկսվում է նմուշից mRNA-ի արդյունահանմամբ և ընդհանուր ՌՆԹ-ից cDNA գրադարանի կառուցմամբ: Այնուհետև այն խառնվում է լյումինեսցենտային պիտակավորված նախապես նախագծված զոնդերի հետ ամուր մակերեսի վրա (կետային մատրիցա): Լրացուցիչ հաջորդականությունները հիբրիդացվում են միկրոզանգվածի պիտակավորված զոնդերի հետ: Այնուհետև միկրոզանգվածը լվանում և ցուցադրվում է, և պատկերը քանակականացվում է: Հավաքված տվյալները պետք է վերլուծվեն՝ համեմատական արտահայտության պրոֆիլները ստանալու համար:
Միկրոզանգվածի զոնդերի ինտենսիվությունը ենթադրվում է, որ համաչափ է նմուշի տառադարձումների քանակին:Այնուամենայնիվ, տեխնիկայի ճշգրտությունը կախված է նախագծված զոնդերից, հաջորդականության նախնական իմացությունից և հիբրիդացման համար զոնդերի մերձությունից: Այսպիսով, միկրոզանգվածի տեխնոլոգիան ունի սահմանափակումներ: Microarray տեխնիկան չի կարող իրականացվել ցածր առատության արտագրություններով: Այն չի կարողանում տարբերակել իզոֆորմները և բացահայտել գենետիկ տարբերակները: Քանի որ այս մեթոդը կախված է զոնդերի հիբրիդացումից, հիբրիդացման հետ կապված որոշ խնդիրներ, ինչպիսիք են խաչաձև հիբրիդացումը, ոչ սպեցիֆիկ հիբրիդացումը և այլն, առաջանում են միկրոզանգվածային տեխնիկայում:
Նկար 01. միկրոզանգված
Ի՞նչ է ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը:
ՌՆԹ որսորդական հրացանի հաջորդականությունը (RNA seq) վերջերս մշակված ամբողջական տրանսկրիպտոմի հաջորդականության տեխնիկա է: Դա տրանսկրիպտոմի պրոֆիլավորման արագ և բարձր թողունակության մեթոդ է: Այն ուղղակիորեն չափում է գեների արտահայտվածությունը և հանգեցնում տրանսկրիպտոմի խորը հետազոտության:ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը կախված չէ նախապես նախագծված զոնդերից կամ հաջորդականությունների նախնական գիտելիքներից: Հետևաբար, RNA seq մեթոդն ունի բարձր զգայունություն և նոր գեներ և գենետիկ տարբերակներ հայտնաբերելու հնարավորություն:
ՌՆԹ-ի հաջորդականության մեթոդն իրականացվում է մի քանի քայլով: Բջջի ընդհանուր ՌՆԹ-ն պետք է մեկուսացված և մասնատված լինի: Այնուհետև, օգտագործելով հակադարձ տրանսկրիպտազը, պետք է պատրաստվի cDNA գրադարան: Յուրաքանչյուր cDNA շղթա պետք է միացվի ադապտերներով: Այնուհետև կապակցված բեկորները պետք է ուժեղացվեն և մաքրվեն: Ի վերջո, օգտագործելով NGS մեթոդը, պետք է կատարվի cDNA-ի հաջորդականությունը:
Նկար 02. ՌՆԹ-ի հաջորդականություն
Ո՞րն է տարբերությունը միկրոզանգվածի և ՌՆԹ-ի հաջորդականության միջև:
Միկրոզանգվածն ընդդեմ ՌՆԹ-ի հաջորդականության |
|
| Միկրոզանգվածը ամուր, հուսալի, բարձր թողունակության մեթոդ է: | ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը ճշգրիտ և արդյունավետ մեթոդ է: |
| Արժեքը | |
| Սա էժան մեթոդ է: | Սա թանկ մեթոդ է։ |
| Նմուշների մեծ քանակի վերլուծություն | |
| Սա հեշտացնում է մեծ թվով նմուշների միաժամանակյա վերլուծությունը: | Սա հեշտացնում է մեծ թվով նմուշների վերլուծությունը: |
| Տվյալների վերլուծություն | |
| Տվյալների վերլուծությունը բարդ է: | Այս մեթոդով ստեղծվում են ավելի շատ տվյալներ. հետևաբար, գործընթացն ավելի բարդ է։ |
| Հաջորդականությունների նախնական իմացություն | |
| Այս մեթոդը հիմնված է հիբրիդացման զոնդերի վրա, ուստի անհրաժեշտ է հաջորդականությունների նախնական իմացություն: | Այս մեթոդը կախված չէ նախորդ հաջորդականության գիտելիքներից: |
| Կառուցվածքային տատանումներ և նոր գեներ | |
| Այս մեթոդը չի կարող հայտնաբերել կառուցվածքային տատանումները և նոր գեները: | Այս մեթոդը կարող է հայտնաբերել կառուցվածքային տատանումներ, ինչպիսիք են գեների միաձուլումը, այլընտրանքային զուգավորումը և նոր գեները: |
| Զգայունություն | |
| Սա չի կարող հայտնաբերել իզոֆորմների արտահայտման տարբերությունները, ուստի այն ունի սահմանափակ զգայունություն: | Սա բարձր զգայունություն ունի: |
| Արդյունք | |
| Սա կարող է հանգեցնել միայն արտահայտման հարաբերական մակարդակների: Սա գեների արտահայտման բացարձակ քանակականացում չի տալիս: | Այն տալիս է արտահայտության բացարձակ և հարաբերական մակարդակներ: |
| Տվյալների վերավերլուծություն | |
| Սա պետք է կրկնել՝ նորից վերլուծելու համար: | Հաջորդականության տվյալները կարող են վերավերլուծվել: |
| Հատուկ անձնակազմի և ենթակառուցվածքների կարիք | |
| Միկրոզանգվածի համար հատուկ ենթակառուցվածք և անձնակազմ չեն պահանջվում: | ՌՆԹ-ի հաջորդականությամբ պահանջվող հատուկ ենթակառուցվածք և անձնակազմ։ |
| Տեխնիկական խնդիրներ | |
| Միկրոզանգվածի տեխնիկան ունի տեխնիկական խնդիրներ, ինչպիսիք են խաչաձև հիբրիդացումը, ոչ հատուկ հիբրիդացումը, առանձին զոնդերի հայտնաբերման սահմանափակ արագությունը և այլն: | RNA seq տեխնիկան խուսափում է տեխնիկական խնդիրներից, ինչպիսիք են խաչաձև հիբրիդացումը, ոչ սպեցիֆիկ հիբրիդացումը, առանձին զոնդերի հայտնաբերման սահմանափակ արագությունը և այլն: |
| Կողմնակալություններ | |
| Սա կողմնակալ մեթոդ է, քանի որ այն կախված է հիբրիդացումից: | Շեղումը ցածր է միկրոզանգվածի համեմատ: |
Ամփոփում – Միկրոզարան ընդդեմ ՌՆԹ-ի հաջորդականության
Միկրոզանգվածի և ՌՆԹ-ի հաջորդականության մեթոդները բարձր թողունակության հարթակներ են, որոնք մշակվել են տրանսկրիպտոմի պրոֆիլավորման համար: Երկու մեթոդներն էլ տալիս են արդյունքներ, որոնք մեծապես կապված են գեների արտահայտման պրոֆիլների հետ: Այնուամենայնիվ, ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը գեների արտահայտման վերլուծության համար առավելություններ ունի միկրոզանգվածի նկատմամբ: ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը ավելի զգայուն մեթոդ է ցածր առատությամբ տառադարձումների հայտնաբերման համար, քան միկրոզանգվածը: ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը նաև հնարավորություն է տալիս տարբերակել իզոֆորմները և նույնականացնել գենային տարբերակները: Այնուամենայնիվ, միկրոզանգվածը հետազոտողների մեծամասնության ընդհանուր ընտրությունն է, քանի որ ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը նոր և թանկ տեխնիկա է տվյալների պահպանման դժվարություններով և տվյալների բարդ վերլուծությամբ:
