Հիմնական տարբերություն – Exome-ն ընդդեմ ՌՆԹ-ի հաջորդականության
Նուկլեինաթթվի հաջորդականությունը այն տեխնիկան է, որը որոշում է նուկլեոտիդների կարգը օրգանիզմի ԴՆԹ-ի կամ ՌՆԹ-ի որոշակի հատվածում: Հերթականությունը կարևոր է բջջի ԴՆԹ-ի և ՌՆԹ-ի կազմը բացահայտելու և որոշ գեների տարբերակման համար, որոնք կոդավորում են ֆունկցիոնալ սպիտակուցները. Այսպիսով, հաջորդականությունը կարող է օգտագործվել այս գեների մուտացիաները և գենային արտահայտությունները հասկանալու համար: Sanger Sequencing մեթոդը կամ հաջորդ սերնդի հաջորդականության ավելի առաջադեմ մեթոդները այն հաջորդականության մեթոդներն են, որոնք սովորաբար օգտագործվում են: Էկզոմների հաջորդականությունը օրգանիզմում առկա էկզոնների կամ կոդավորող ԴՆԹ շրջանների ամբողջական շարքի հաջորդականությունն է, մինչդեռ ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը Ռիբոնուկլեինաթթուների (ՌՆԹ) հաջորդականացման ընթացակարգն է:Սա էկզոմի և ՌՆԹ-ի հաջորդականության հիմնական տարբերությունն է:
Ի՞նչ է Exome Sequencing?
Exome-ը գենոմի ենթաբազմություն է, որը բաղկացած է որոշակի օրգանիզմի կոդավորող գեներից: Կոդավորող գեները կոչվում են էկզոններ և տառադարձվում են mRNA-ի, այնուհետև թարգմանվում են ամինաթթուների հաջորդականությունների: Հետտրանսկրիպցիոն մոդիֆիկացիաների ժամանակ ՌՆԹ-ի միացման մեխանիզմը էուկարիոտներում հեռացնում է ինտրոնները (ոչ կոդավորող շրջաններ), իսկ էկզոնները մնում են: Գոյություն ունեն երկու հիմնական տեխնիկա, որոնցում կատարվում է էկզոմների հաջորդականությունը՝ լուծման վրա հիմնված և զանգվածի վրա հիմնված:
Լուծման վրա հիմնված էկզոմների հաջորդականության ժամանակ ԴՆԹ-ի նմուշները մասնատվում են կա՛մ սահմանափակող ֆերմենտների, կա՛մ մեխանիկական մեթոդի կիրառմամբ և ջերմության միջոցով այլասերվում: Այս տեխնիկայում բիոտինիլացված օլիգոնուկլեոտիդային զոնդերը (խայծերը) օգտագործվում են գենոմի թիրախային շրջանների հետ ընտրովի հիբրիդացման համար: Պարտադիր քայլի համար օգտագործվում են մագնիսական streptavidin ուլունքներ: Կապակցմանը հաջորդում է լվացման քայլը, որտեղ չկապված և ոչ նպատակային հաջորդականությունները լվացվում են:Այնուհետև կապված թիրախները ուժեղացվում են պոլիմերազային շղթայական ռեակցիայի (PCR) միջոցով, այնուհետև հաջորդականացվում են Sanger-ի կամ հաջորդ սերնդի հաջորդականության տեխնիկայի միջոցով:
Նկար 01. Exome Sequence
Զանգվածի վրա հիմնված մեթոդը նույնպես նման է լուծույթի վրա հիմնված մեթոդին, բացառությամբ, որ ԴՆԹ-ի բեկորները վերցվում են միկրոզանգվածի մեջ, այնուհետև հաջորդում են կապման և լվացման քայլերը՝ նախքան հաջորդականությունը:
Exome-ի հաջորդականությունն օգտագործվում է բազմաթիվ կիրառություններում, ինչպիսիք են հիվանդությունների գենետիկական ախտորոշումը, գենային թերապիան, նոր գենետիկական մարկերների հայտնաբերման, գյուղատնտեսության մեջ՝ տարբեր օգտակար ագրոնոմիական հատկությունների բացահայտման և բույսերի բուծման ընթացակարգերում:
Ի՞նչ է ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը:
ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը հիմնված է տրանսկրիպտոմի վրա, որը բջջի ամբողջական տառադարձումն է:ՌՆԹ-ի հաջորդականացման հիմնական նպատակներն են տառադարձության բոլոր տեսակների ցուցակագրումը, ներառյալ mRNA, ոչ կոդավորող ՌՆԹ-ն և փոքր ՌՆԹ-ն, գեների տրանսկրիպցիոն կառուցվածքը որոշելու և յուրաքանչյուր տառադարձման մակարդակների քանակականացումը զարգացման ընթացքում: ՌՆԹ-ի հաջորդականության ժամանակ հիբրիդացման տեխնոլոգիաները (որոնք լրացնող ԴՆԹ-ն էին, որոնք ստացվում էին հասուն մՌՆԹ հաջորդականություններից) սկզբնապես օգտագործվում էին հաջորդականության համար։ Ներկայումս ՌՆԹ-ի հաջորդականության համար օգտագործվում է ավելի ճշգրիտ և առաջադեմ ներդրման տեխնիկա:
Նկար 02. ՌՆԹ-ի հաջորդականություն
ՌՆԹ-ի հաջորդականության ժամանակ ՌՆԹ-ի նմուշը, որը կարող է լինել ընդհանուր ՌՆԹ կամ ֆրակցիոնացված ՌՆԹ, վերածվում է իր կոմպլեմենտար ԴՆԹ-ի (cDNA)՝ օգտագործելով հակադարձ տրանսկրիպցիան, և պատրաստվում է cDNA գրադարան: Յուրաքանչյուր cDNA բեկոր կցվում է ադապտերներին երկու կողմից (զույգերի վերջի հաջորդականություն) կամ մի կողմից (մեկ ծայրի հաջորդականություն):Այս պիտակավորված հաջորդականությունները հաջորդականացվում են Sanger-ի կամ հաջորդ սերնդի միջոցով, ինչպես օրինակ էքսոմի հաջորդականությունը:
Որո՞նք են նմանությունները Exome-ի և ՌՆԹ-ի հաջորդականության միջև:
- Կարճ ընտրված հատվածները կամ ԴՆԹ/ՌՆԹ-ի ամբողջ հավաքածուն կարող են օգտագործվել Exome-ի կամ ՌՆԹ-ի հաջորդականության համար:
- Հաջորդական հատվածներ պահպանվում են գրադարաններում։
- Sanger հաջորդականությունը կամ հաջորդ սերնդի հաջորդականությունը կարող են օգտագործվել:
- Երկուսն էլ in vitro հաջորդականացման մեթոդներ են։
- Հաջորդական բեկորները կարող են որոշվել լյումինեսցենտային պիտակներով:
Ո՞րն է տարբերությունը Exome-ի և ՌՆԹ-ի հաջորդականության միջև:
Էքսոմ ընդդեմ ՌՆԹ-ի հաջորդականության |
|
| Էքսոմի հաջորդականությունը օրգանիզմում առկա էկզոնների կամ կոդավորող ԴՆԹ-ի շրջանների ամբողջական շարքի հաջորդականությունն է: | ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը վերաբերում է Ռիբոնուկլեինաթթուների (ՌՆԹ) հաջորդականացման ընթացակարգին. տրանսկրիպտոմը։ |
| Սկսվող նմուշ | |
| Գենոմային ԴՆԹ-ն էկզոմների հաջորդականության մեկնարկային նմուշն է: | ՌՆԹ-ն ՌՆԹ-ի հաջորդականության մեկնարկային նմուշն է: |
| Կոմպոզիցիա | |
| Սա պարունակում է ընդհանուր ԴՆԹ-ի միայն կոդավորող շրջաններ, որոնք հայտնի են որպես Exons | Սա պարունակում է RNA-mRNA / տրանսկրիպտոմ: |
| Հաջորդականություն | |
| Կա էկզոմների հաջորդականության երկու հիմնական մեթոդ. լուծումների վրա հիմնված և զանգվածների վրա հիմնված տեխնոլոգիաներ։ | ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը կատարվում է cDNA գրադարանի պատրաստման միջոցով՝ արդյունահանելով ընդհանուր ՌՆԹ-ն կամ մասնատված ՌՆԹ: |
Ամփոփում – Exome vs RNA Sequencing
Exome-ը օրգանիզմի կոդավորման շրջանների ամբողջական հավաքածուն է, և այն տեխնիկան, որը ներգրավված է Exome-ի ճշգրիտ նուկլեոտիդային կարգի որոշման մեջ, հայտնի է որպես էքսոմի հաջորդականություն: ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը օրգանիզմի ՌՆԹ-ի նուկլեոտիդային կարգի որոշման տեխնիկան է: Սա էքսոմի և ՌՆԹ-ի հաջորդականության միջև եղած տարբերությունն է։
Ներբեռնեք Exome-ի PDF տարբերակը ընդդեմ ՌՆԹ-ի հաջորդականության
Դուք կարող եք ներբեռնել այս հոդվածի PDF տարբերակը և օգտագործել այն անցանց նպատակներով՝ ըստ մեջբերումների: Խնդրում ենք ներբեռնել PDF տարբերակը այստեղ Տարբերությունը Exome-ի և ՌՆԹ-ի հաջորդականության միջև
