PCR ընդդեմ իրական ժամանակի PCR
PCR կամ պոլիմերազային շղթայական ռեակցիան հեղափոխական հայտնագործություն է ժամանակակից մոլեկուլային կենսաբանության մեջ, որն առաջին անգամ մշակվել է քիմիկոս Կարի Մալիսի կողմից 1983 թվականին: Այն թույլ է տալիս վերլուծության համար բարդ ԴՆԹ-ի մեկ հաջորդականությունը ուժեղացնել: PCR-ի հիմնական գաղափարն այն է, որ երկու այբբենարան, որոնք լրացնում են ԴՆԹ-ի հաջորդականության հակառակ շղթաները, ուղղված են միմյանց: այբբենարանները արտադրում են լրացուցիչ թելեր, որոնցից յուրաքանչյուրը պարունակում է մյուս այբբենարանը: Այսպիսով, արդյունքը մեծ քանակությամբ հաջորդականություն է, որը համապատասխանում է ԴՆԹ-ին, որը գտնվում է երկու այբբենարանների միջև: ԴՆԹ պոլիմերազային ֆերմենտը օգտագործվում է PCR-ում պրայմերները երկարացնելու համար:ԴՆԹ պոլիմերազը ջերմակայուն ֆերմենտ է և այն կարող է գոյատևել բարձր ջերմաստիճաններում (94-ից 95 °C), որն օգտագործվում է ձևանմուշի ԴՆԹ-ի դենատուրացիայի համար:
ՊՇՌ-ն ներառում է երեք քայլ, այն է՝ դենատուրացիայի կրկնվող փուլեր, պրայմերների կռում և ԴՆԹ-ի սինթեզ: Այս ռեակցիան իրականացնելու համար օգտագործվում է ջերմոցիկավոր մեքենա, որպեսզի այն կարողանա ծրագրավորվել ջերմաստիճանը արագ և ճշգրիտ փոխելու համար: PCR-ի կիրառություններն են քրեական հետաքննությունը, ԴՆԹ-ի մատնահետքը, պաթոգենների հայտնաբերումը և վաղ մարդկային տեսակների ԴՆԹ-ի վերլուծությունը:
Ի՞նչ է սովորական PCR:
Սովորական PCR-ի երեք հիմնական փուլ կա, մասնավորապես. ԴՆԹ-ի ուժեղացման փուլ, PCR-ի տարանջատում և արտադրանքի հայտնաբերում: ԴՆԹ-ի հատվածների բաժանումը սովորաբար կատարվում է ագարոզայի գել էլեկտրոֆորեզի միջոցով: Այնուհետև արտադրանքը ներկվում է էթեյդուիմ բրոմիդով: Ի վերջո, հայտնաբերումը ձեռք է բերվում ուլտրամանուշակագույն լույսի ներքո գելերի վրա շերտերի վիզուալիզացիայի միջոցով: Հետևաբար, սովորական PCR-ի վերջնական արդյունքները թվերով չեն արտահայտվում:Սովորաբար սովորական PCR-ն ի վիճակի է հայտնաբերել միայն մեկ պարամետր:
Ի՞նչ է իրական ժամանակի PCR:
Իրական ժամանակում PCR-ը կարող է հայտնաբերել արտադրանքի ուժեղացումը, քանի որ արտադրանքը սինթեզվում է: Տեխնոլոգիաների զարգացման հետ մեկտեղ PCR-ն դարձել է շատ տարածված տեխնիկա, հատկապես սննդամթերքի մեջ բակտերիաների հայտնաբերման և նույնականացման համար: Իրական ժամանակի ՊՇՌ-ն օգտագործում է ֆլորեսցենտային ներկերի համակարգ և ջերմոցիկ, որը հագեցած է լյումինեսցենտային հայտնաբերման ունակությամբ:
Ո՞րն է տարբերությունը սովորական PCR-ի և իրական ժամանակի PCR-ի միջև:
• Սովորական PCR-ն ավելի ժամանակատար է, քանի որ այն օգտագործում է գելային էլեկտրոֆորեզ՝ ուժեղացված PCR արտադրանքները վերլուծելու համար: Ի հակադրություն, իրական ժամանակի PCR-ն ավելի քիչ ժամանակատար է, քանի որ այն կարող է հայտնաբերել ուժեղացումներ ռեակցիայի վաղ փուլերում:
• Իրական ժամանակում PCR-ն տվյալներ է հավաքում PCR-ի էքսպոնենցիալ աճի փուլում, մինչդեռ ավանդական PCR-ն տվյալներ է հավաքում ռեակցիայի վերջնակետում:
• Պայմանական PCR-ի վերջնական կետի արդյունքները կարող են շատ ճշգրիտ չլինել, բայց իրական ժամանակի PCR-ի արդյունքները շատ ճշգրիտ են:
• Իրական ժամանակի PCR-ն ավելի զգայուն է, քան սովորական PCR-ը:
• Սովորական PCR-ն ունի շատ վատ լուծաչափ, մինչդեռ իրական ժամանակում PCR-ն կարող է հայտնաբերել շատ քիչ փոփոխություններ բարձր լուծաչափի պատճառով:
• Պայմանական PCR-ի վերջնական կետի հայտնաբերումն ունի կարճ դինամիկ տիրույթ, մինչդեռ իրական ժամանակում PCR հայտնաբերումն ունի լայն դինամիկ տիրույթ:
• Ի տարբերություն սովորական PCR-ի, ավտոմատ հայտնաբերման տեխնիկան հայտնաբերվում է իրական ժամանակում PCR-ում:
• Սովորական PCR-ն շատ բարդ է և աշխատատար է ավելի շատ, քան իրական ժամանակում:
• Ի տարբերություն իրական ժամանակի PCR-ի, սովորական PCR-ն չի կարող տարբերակել մահացած և կենդանի բակտերիաները:
• Իրական ժամանակի PCR-ն օգտագործում է լյումինեսցենտային ներկերի համակարգ՝ արտադրանքը հայտնաբերելու համար, մինչդեռ սովորական PCR-ն օգտագործում է էթիդիումի բրոմիդ և ուլտրամանուշակագույն լույս՝ ագարոզայի գել միջավայրում շերտերը պատկերացնելու համար:
