Տարբերությունը բենզոնազի և DNase-ի միջև

2024 Հեղինակ: Alex Aldridge | [email protected]. Վերջին փոփոխված: 2023-12-17 13:41

Հիմնական տարբերություն – Բենզոնազ ընդդեմ DNase

Նուկլեինաթթուների քայքայումը կարևոր է մոլեկուլային կենսաբանության բազմաթիվ մեթոդների համար: Այն լայնորեն կիրառվում է ռեկոմբինանտ ԴՆԹ տեխնոլոգիայում՝ ԴՆԹ-ի և ՌՆԹ-ի անցանկալի բեկորներից ազատվելու համար։ Նուկլեինաթթուները քայքայող ֆերմենտները կոչվում են նուկլեազներ, և դրանք կարող են լինել տարբեր տեսակի՝ ելնելով պահանջվող ֆունկցիայից: Նուկլեազները, որոնք քայքայում են ԴՆԹ-ն, հայտնի են որպես DNases, մինչդեռ նրանք, որոնք քայքայում են ԴՆԹ-ն, հայտնի են RNases: Այս ֆերմենտները հիմնականում օգտագործվում են in vitro փորձերում, որտեղ in vitro մոլեկուլային թեստեր են իրականացվում մաքուր ԴՆԹ, ՌՆԹ կամ սպիտակուցներ մեկուսացնելու համար: Բենզոնազները նուկլեազների մի տեսակ են, որոնք քայքայում են և՛ ԴՆԹ-ն, և՛ ՌՆԹ-ն, մինչդեռ DNase-ները քայքայում են միայն ԴՆԹ-ն:Սա բենզոնազի և DNase-ի հիմնական տարբերությունն է:

Ի՞նչ է բենզոնազը:

Բենզոնազը գենետիկորեն մշակված էնդոնուկլեազ է Serratia marcescens-ից: Այս ֆերմենտը արտադրվում է արդյունաբերական մասշտաբով E. coli սերվերներում: Բենզոնազը ունակ է ճեղքելու երկշղթա ԴՆԹ, գծային ԴՆԹ, շրջանաձև ԴՆԹ և միաշղթա ՌՆԹ: Այսպիսով, բենզոնազը կոմերցիոն նշանակություն ունի: Բենզոնազ ֆերմենտը սպիտակուցային դիմեր է, որն ունի 245 միանման ամինաթթուներ, ~ 30 կԴա ենթամիավորներ երկու էական դիսուլֆիդային կապերով: Բենզոնազը ճեղքում է նուկլեինաթթուները իր 5' ծայրում և հանգեցնում է ազատ 5' ծայրերով բեկորների: Բենզոնազը կարող է ճեղքել նուկլեինաթթուները ցանկացած հաջորդականությամբ, սակայն նախընտրում է GC հարուստ շրջանները:

Բենզոնազը պահվում է -20 ^{0C-ում: Պարզվել է, որ ֆերմենտային ակտիվության օպտիմալ pH-ը 8,0 – 9,2 է: Բենզոնազի կիրառությունները ներառում են նմուշի պատրաստում սպիտակուցային 2D գելային էլեկտրոֆորեզի համար, որտեղ բենզոնազը հեռացնում է կապված նուկլեինաթթուները և նուկլեինաթթուների աղտոտիչները ռեկոմբինանտ սպիտակուցային պատրաստուկներից:Այն նաև օգտագործվում է սպիտակուցների մածուցիկությունը նվազեցնելու և բջիջների խառնուրդի մեջ բջիջների կուտակումը կանխելու համար:}

Ի՞նչ է DNase?

DNase-ը նուկլեազ է, հիդրոլիտիկ ֆերմենտ, որն ունակ է ճեղքել միայն երկշղթա ԴՆԹ: Գոյություն ունեն DNase-ների երկու հիմնական տեսակ՝ DNase I և DNase II: DNase I-ը մասնակցում է երկշղթա ԴՆԹ-ի տրոհմանը՝ 5' ազատ ծայրերով պոլինուկլեոտիդներ առաջացնելու համար: DNase II-ը մասնակցում է կրկնակի շղթա ԴՆԹ-ի ճեղքմանը` 3' ազատ ծայրերով կամ ելուստներով պոլինուկլեոտիդային շղթաներ առաջացնելու համար:

DNase I

DNase I-ը գործում է օպտիմալ pH 7,0 – 8,0 միջակայքում: Ֆերմենտի ակտիվությունը կախված է բազմաթիվ իոնային կոֆակտորներից, որոնք ներառում են՝ Ca²⁺, Mg²⁺ կամ Mn^2+Mg2+ ^{և Mn}2+^{-ի ակտիվությունը որոշում է DNase I-ի գործառույթը: Mg}-ի առկայության դեպքում 2+^{, DNase I-ը կտրում է dsDNA-ի յուրաքանչյուր շղթան ինքնուրույն: Սա տեղի է ունենում պատահական ձևով: Ի հակադրություն, Mn}2+, ^{առկայության դեպքում ֆերմենտը կտրում է ԴՆԹ-ի երկու շղթաները մոտավորապես նույն տեղում:Այս պառակտումը կհանգեցնի ԴՆԹ-ի երկու տեսակի բեկորների առաջացմանը. մի տեսակ բութ ծայրերով և մեկ այլ տեսակ՝ մեկ կամ երկու նուկլեոտիդային ելուստներով։}

Նկար 02. DNase

DNase II

DNase II-ը գործում է 4.5-5.0 օպտիմալ pH-ով, և դրա ակտիվության համար անհրաժեշտ են երկվալենտ մետաղական իոններ, որոնք նման են DNase I-ին: Հայտնի է, որ DNase II-ի մեխանիզմը բաղկացած է երեք հիմնական փուլից:

1. ԴՆԹ-ի ողնաշարի ներսում առաջանում են միաշղթաների մի քանի ճեղքեր:
2. Թթվային լուծվող նուկլեոտիդներ և օլիգոնուկլեոտիդներ են արտադրվում:
3. Ոչ գծային հիպերքրոմային տեղաշարժը տեղի է ունենում վերջին փուլում:

DNase ֆերմենտի հիմնական արգելակիչները ներառում են մետաղական քելատորներ, անցումային մետաղներ և քիմիական նյութեր, ինչպիսիք են նատրիումի դոդեցիլ սուլֆատը և β-մերկապտոէթանոլը:

DNase-ի հիմնական կիրառությունները ներառում են առանց ԴՆԹ-ի ՌՆԹ-ի և սպիտակուցի քաղվածքների պատրաստում, ինչպես նաև ԴՆԹ-ի ձևանմուշների հեռացում in vitro տրանսկրիպցիոն փորձերի ժամանակ:

Որո՞նք են նմանությունները բենզոնազի և DNase-ի միջև:

• Երկուսն էլ հիդրոլիտիկ ֆերմենտներ են։
• Երկուսն էլ նուկլեազներ են։
• Երկուսն էլ մասնակցում են՝ ճեղքելով նուկլեինաթթուների ֆոսֆոդիստերային կապերը։
• Երկուսն էլ պահանջում են օպտիմալ pH և պահպանման ջերմաստիճան՝ ֆերմենտի ակտիվությունը պահպանելու համար:
• Ֆերմենտների արգելակիչները ներառում են քելացնող նյութեր, անցումային մետաղներ և լվացող քիմիական նյութեր:
• Դիմումները հիմնականում ուղղված են ԴՆԹ-ի, ՌՆԹ-ի և սպիտակուցների բարձր մաքրության էքստրակտների ստացմանը:
• Երկու ֆերմենտները կարող են արտադրվել գենետիկ ինժեներիայի միջոցով:

Ո՞րն է տարբերությունը բենզոնազի և DNase-ի միջև:

Բենզոնազ ընդդեմ DNase
Բենզոնազը ֆերմենտ է, որն ունակ է ճեղքել երկշղթա ԴՆԹ, գծային ԴՆԹ, շրջանաձև ԴՆԹ և ՌՆԹ:	DNase-ը ֆերմենտ է, որն ունակ է ճեղքել երկշղթա ԴՆԹ:
Սուբստրատ ֆերմենտի համար
Եվ ԴՆԹ-ն և ՌՆԹ-ն բենզոնազի սուբստրատներ են:	ԴՆԹ-ն DNase-ի սուբստրատ է:
Կառուցվածք
Բենզոնազի pH-ի օպտիմալ միջակայքը 7.0 -8.0 է	DNase I-ի pH-ի օպտիմալ միջակայքերը 7.0 – 8.0 է, իսկ DNase II-ը՝ 4.5 – 5.0:

Ամփոփում – Բենզոնազ ընդդեմ DNase

Նուկլեազային ֆերմենտները լայնորեն օգտագործվում են տարբեր փորձարարական պրոցեդուրաներում՝ կապված մոլեկուլային կենսաբանության և գենետիկական ինժեներիայի հետ:Բենզոնազը և DNase-ը երկու տեսակի նուկլեազներ են: Բենզոնազը մասնակցում է ինչպես ԴՆԹ-ի, այնպես էլ ՌՆԹ-ի քայքայմանը, մինչդեռ DNase-ն մասնակցում է երկշղթա ԴՆԹ-ի տրոհմանը: Սա բենզոնազի և DNase-ի հիմնական տարբերությունն է: Ներկայումս այս նուկլեազների երկու տեսակներն էլ արտադրվում են ռեկոմբինանտ ԴՆԹ տեխնոլոգիայի միջոցով, որն ավելի բարձր որակի ֆերմենտներ է տալիս, որոնք օպտիմիզացված են առավելագույն արտադրության համար:

Ներբեռնեք Benzonase-ի PDF տարբերակը ընդդեմ DNase

Դուք կարող եք ներբեռնել այս հոդվածի PDF տարբերակը և օգտագործել այն անցանց նպատակներով՝ ըստ մեջբերումների: Խնդրում ենք ներբեռնել PDF տարբերակը այստեղ Բենզոնազի և DNase-ի միջև տարբերությունը